九世班禅乳名仓珠嘉措,是前藏塔布地区噶夏村人,清光绪九年(1883年),出生于一个非常贫苦的家庭。他没有父亲,母亲是个哑巴,靠给贵族牧羊为生。八世班禅圆寂后,札什伦布寺派出多名代表,在藏区共寻访到三名“转世灵童”,仓珠嘉措即在其中。按照金瓶掣签制度,驻藏大臣文硕命札什伦布寺将三名灵童送到拉萨,在布达拉宫皇帝牌位前举行仪式,最后掣出写有仓珠嘉措名字的象牙签,于是认定其为八世班禅的转世,即九世班禅。九世班禅拜十三世达赖喇嘛为师剪发,取法名曲吉尼玛,并先后从第穆呼图克图和十三世达赖喇嘛授沙弥戒和比丘戒。
九世班禅曲吉尼玛从出生到受比丘戒的这一时期,正是清末中国遭受帝国主义侵略,民族危机日益严重的年代。英国殖民主义者的侵略矛头,不仅对准中国东南沿海地区,也指向了西南边疆。1888年,英国军队侵占了哲孟雄(锡金)并继续向北推进。为抵抗侵略者,西藏僧俗民众在隆吐山沟筑防线,并与英国军队展开了激战,这是西藏人民的第一次抗英斗争。十三世达赖喇嘛与九世班禅采取协调一致的态度,积极抵抗英军入侵,在开赴前线的藏军中,就有班禅管辖的民兵。懦弱腐败的清政府面对藏族人民的爱国热情,不仅不给予鼓励支持,反而撤换了主张抗英的驻藏大臣文硕,派升泰进藏与英国签订了丧权辱国的不平等条约。
尽管受到如此沉重的打击,九世班禅的态度也是明确的。他决心与十三世达赖喇嘛采取一致行动,共同抵抗帝国主义的侵略,领导札什伦布寺所属全体僧俗民众投身第二次抗英斗争。
1903年,一支英军在荣赫鹏上校率领下侵入西藏。英军施展诡计向清政府提出在岗巴宗进行谈判。岗巴宗属于班禅的管辖范围,并不是交通要道,英国提出在此举行谈判,意在向班禅施加压力。九世班禅看到战争迫在眉睫,派出代表前来岗巴宗,劝说英军退回藏印边界,被英军拒绝。班禅再次派出代表规劝,仍被拒绝。1904年初,英军发动了武装进攻,藏军和当地民众仅靠简陋原始的武器与装备先进的英军展开激战,但最终失利。十三世达赖喇嘛在英军到达拉萨前夕出走,经青海前往蒙古。英军占领拉萨后,西藏噶厦政府的高级官员都躲藏起来。荣赫鹏便逼驻藏大臣有泰出面奔走,签定了《拉萨条约》。英军在签约时,没有强迫札什伦布寺代表签字,这里面包含了险恶的政治阴谋,为拉拢班禅留下了回旋余地。
当时清朝政府认为《拉萨条约》有损中国主权并属非法,派代表与英印政府重新进行谈判。在此期间,英印政府企图强迫九世班禅赴印度与英国皇太子会晤,使其屈服充当英国在西藏的代理人。这一阴谋由于九世班禅的坚决反对未能得逞。
英军占领拉萨前,十三世达赖喇嘛被迫出亡。驻藏大臣有泰昏庸无能,一面上奏折弹劾达赖喇嘛;一面建议清政府命班禅摄政,对自己的卖国行径却毫无愧意。九世班禅是位具有政治远见、顾全大局的领袖。他考虑到由他摄政不仅不符合西藏传统,特别会增加达赖与班禅两大活佛之间的隔阂,不利于内部团结,因此没有接受。英军乘达赖喇嘛出亡,命令留驻江孜的鄂康诺大佐率领人马突然到日喀则,借口他将回国,来向班禅告辞,请班禅1905年10月赴印,并恫吓班禅如不赴印即有“英藏失和”的危险,也就是以英军占领日喀则和札什伦布寺相威胁。当时英军从拉萨撤退还不到一年,班禅在给驻藏大臣的信中说,“若不去恐后藏地方札什伦布寺院均不能保,若其去时,则我未奉到钦宪批饬……惟后藏之安危所系,生灵之性命所关……我拟勉强一行。生死不问,若我班禅自此违背大清皇帝恩德,即死在九幽地狱之中,不得超生。”班禅在印度见到英国皇太子,鄂康诺要班禅跪拜,班禅严辞拒绝。班禅此次被迫赴印,丝毫未做有损中国主权之事。
九世班禅从印度回到日喀则之后,英国政府依然绞尽脑汁拉拢利诱,均未得逞。于是英国改变策略,处处离间挑拨达赖与班禅的关系,终于使原本和睦的达赖班禅师徒之间出现了裂痕。1923年,九世班禅被迫从札什伦布寺出走内地。北洋政府得到消息后,准定按清朝乾隆皇帝接见六世班禅的前例,将九世班禅迎往北京,并赐予“致忠阐化”的封号。
班禅大师在内地期间,举行了大量的宗教活动。不仅如此,他还利用崇高的宗教领袖地位,讲解西藏历史,宣传爱国思想。十三世达赖喇嘛圆寂后,他在南京远明楼诵经十日,祈祷达赖喇嘛早日转世。
九世班禅被迫离开西藏后,一直渴望能够早日返回故里。但是由于复杂的政治原因,他的愿望一直没有实现。1937年,九世班禅在青海玉树报憾而终,享年54岁。