第五章 “李登辉时代”遭遇排挤
李登辉参加及退出中共内幕
早1984年，蒋经国对班子进行了一次大调整，推出了台湾两个引人注目的人物，那就是李登辉和马英九——后来李登辉成了接班人，担任了“副总统”；而马英九则平步青云，担任国民党中央党部副秘书长。但让蒋经国始料未及的是，在他去世后，顺理成章当上了“总统”的李登辉不仅恩将仇报，而且把马英九视为眼中钉、肉中刺，必欲除之而后快，二人关系有如水火。
李登辉英文名Lee，Teng-hui，日本名字为“岩里政男”，1923年1月15日，在台湾北部台北州淡水郡三芝庄（今台北县淡水镇三芝乡）埔坪的“源兴居”出生，出生的时候台湾还是日本的殖民地。他的父亲叫李金龙，母亲叫江锦。李登辉是次男，上有年长他两岁的哥哥李登钦，据说在日治时期被调至菲律宾，并在当地战死；此外，他还有一个弟弟叫李炳男，从事贸易工作。
李登辉的父亲李金龙毕业于警察学校，先是担任警察的职务，后来则转到“三芝农业组合”工作，在战后还当选过县议员。童年的李登辉，最大的幸福是生长在一个小康之家，让他有机会接受完整的教育。他曾告诉他的独子李宪文：“我童年的梦想就是集邮，一张张来自外国的邮票，能让自己无限的想象奔驰于各国国度。但对乡下小孩来说，这是个无法实现的梦想”。因为李金龙任职警察，职务调动频繁，因此李登辉也跟着父亲不断地搬家和转学。从六岁到十二岁之间，他念过四所学校，先后在汐止公学校、南港公学校、三芝公学校、以及淡水公学校就读过。在童年时期，转校的频仍使他交不到朋友。往往好不容易有了朋友，又因为父亲再次调动，而中断交往。正值多愁善感年龄的他，也因而变得有些内向，并产生强烈的自我意识。他所喜爱的是对自我内在世界的探索。闲暇时，总是一个人静静地看书，或望着窗外的雨景，独自素描。一直到今天，油画、水彩画，都还是他最大的兴趣。
李登辉于淡水公学校毕业以后，曾去投考台北二中（现在的成功中学），却没有考上，于是先在私立台北国民中学（今大同国中）就读一年，然后在1938年转学至淡水中学二年级就读。李登辉在淡水中学是最优秀的学生，几乎各科成绩都是排名第一。他的努力终于得来回报，只念四年中学就在1941年考上台北高等学校。这对淡水中学来讲，是空前绝后的荣誉。就在李登辉考上台北高等学校的前一年，日本殖民当局所推行的“皇民化运动”，开始正式推展所谓的“改姓名运动”。父亲曾经当过日本警察的李登辉，也在该运动中更改姓名为“岩里政男”。
当时就读旧制高等学校的学生，被视为理所当然在毕业后要进入帝国大学读书，成为明日菁英的准人才，因此，高校学生得以不问世事，享受教养生活与自由校风。李登辉自身回忆“旧制高校时代的生活实在是非常愉快。”
1943年9月，李登辉毕业于台北高等学校，同年10月，他进入日本京都帝国大学农学部农业经济系就读。1944年1月，在日本京都帝大入伍，服役期间投考日本“千叶高射炮学校”，8月19日晋升陆军少尉，并在高雄退伍。在日本待了三年之后，他于1946年返回台湾，转学进入台湾大学农业经济系就读，并于1949年毕业。1947年的二·二八事件发生的时候，他是台大二年级的学生。为什么李登辉会选择农业经济系就读呢？根据他自己的说法，一方面，他在小时候看到佃农们的辛苦，想为他们打抱不平。另一方面，他则是在思想上受到高等学校历史老师盐见熏的影响，读马克思主义的历史观，谈中国的历史，使他深受影响。为了想把农业与马克思经济学相结合，于是选择农业经济作为他人生的研究目标。
当时，正是战争打得正火热的时侯，校内几乎没留下什么日本学生，文科系的学生，也都几乎全被征去当兵。这个时期的李登辉，一方面为日益短缺的食物问题发愁，一边只能自己学习“农业簿记”，或研读河上肇或马克思等社会主义相关书籍。李登辉自己曾这样说：“大学时期，我遍读马克思及恩格斯的著作，对马克思的主要著作《资本论》也曾深加钻研，反复读过好几遍。”随着战局的吃紧，文科学生也被纳入学徒出征。1944年，李登辉在短暂的回台受训后，再度编回日本千叶高射炮部队做见习士官，但未及奔赴战场，就在千叶迎接了日本的败战。
战争结束后，到底要重返京都帝大继续未完成的学业，还是返回台湾？
这个问题使李登辉苦恼不已。最后，他决定返回故乡台湾。他在1946年春天返回台湾，进入原台北帝国大学所改制的台湾大学就读。当时台湾的大学生，在战后的一片混乱当中，每天为生活所逼而无心上课，本来对来接收的中国政府寄以无限期待，但一旦接触到大陆出身的官僚后，立刻由希望转为失望，终于对祖国感到幻灭，而极度悲哀。对身为台湾知识份子却深受日本教育影响的李登辉而言，这种悲哀更为深刻。回到台湾不久，经由身兼中国共产党“台北市工作委员会”书记吴克泰的邀请，李登辉加入了中共在台湾的地下党，并且在1946年9月被批准入党。吴克泰是土生土长的台湾人，他生于台湾省宜兰县。他的经历充满传奇，影响最大的事件就是介绍李登辉加入中国共产党。
1945年8月，日本投降后不久，吴克泰考取了上海震旦大学经济系，在学校时接受进步思想后加入中国共产党。1946年3月，回到家乡台北。不久，便回台湾大学复学。吴克泰来到台大法学院学习，并很快和台湾创立不久的中共地下党组织接上了头。当时的李登辉刚刚从日本回来不久，在台湾大学的农学院就读。作为过去认识的朋友，他们很快就谈到了一起，李登辉还把自己从日本带回来的日文版《资本论》拿出来向吴克泰炫耀，并表示放暑假后回家要好好通读。
因为在这之前他们就比较熟悉，以后便经常在一起谈天说地，直至最后成为无话不谈的朋友。有一次李登辉把他父亲当过刑事警察、同曾文惠的父亲是同事、关系非常要好等这些家事隐私都说给吴克泰听。还有一次，李登辉一高兴，把曾文惠的父亲曾允诺他等曾家两个姐妹长大后，由他任选一个为妻的事情也告诉了吴克泰，李登辉还犹豫地说，只是他还没有决定要娶哪一个。
他们在一起也经常讨论时事问题，吴克泰说虽然李登辉是自己的学长，但他没有架子，在探讨有关中国国内的问题时，吴克泰的一些观点，李登辉都能理解并且接受。吴克泰说，当时李登辉给他留下的印象比较厚道，肯用功读书，做事认真。看到是水到渠成的时候了，吴克泰便萌发了发展他加入中共组织的念头。1946年9月的一天，吴克泰同李登辉认真地谈起了想发展他加入中国共产党地下组织的动机，李登辉表示愿意加入。根据要求，他还写了一份自传。上级很快就批准李登辉入党，并规定吴克泰同李登辉单线联系。此后，他们基本上每星期都在李登辉家里见一次面。李登辉的党费每月都是由吴克泰转交组织，中共的一些纲领性文件和宣传刊物则由吴克泰转交给他。
李登辉入党后，组织上没有交给他什么具体的任务。不久，北京发生了美军强奸沉崇案件，全国很多大学举行了示威游行，抗议美军的暴行。1947年1月9日，台湾爆发了中学以上的学校基本上全部参加的历史上规模最大的抗议游行，吴克泰是这次游行的组织、领导者之一。当时他还兼任《人民导报》、《自由报》、《中外日报》的记者。游行之前，尽管有国民党竭力阻挠，威胁恐吓，但当天仍有一万多人在新公园开大会并走向大街。当时国民党当局三令五申不许学生参加，形势比较紧张。
为了保存力量，中共地下党员是可以不参加这次活动的，但当台大学生游行队伍走到新公园附近的时侯，吴克泰一下发现了李登辉，因为李的一米八几的高个子比较显眼，吴克泰说这事给他留下了很深刻的印象。
李登辉还参加了“二·二八”运动。在这之后，党的活动暂时停止，遭到通缉的吴克泰来到了上海，这期间就没再跟李登辉联系。八月下旬，地下党省工委根据工作需要，任命吴克泰为台北市工委委员、学生委员会书记。过了没多久，省工委书记找到吴克泰说李登辉要求退党，让他去了解一下情况。吴在曾文惠家找到李登辉，问他为什么要退党，李登辉回答说党内不纯，有人有野心。吴克泰看劝不下来，就说既然这样也不能勉强，就同意了。
退党时，李登辉还主动表示会保守党的秘密，同时也要求组织为他的这段历史保守秘密，算是定的君子协定。之后吴克泰就与李登辉只剩下私人之谊的朋友关系。
李登辉要求退党后，地下党还有一个外围组织叫新民主同志会，是一个进步组织，他还参加他们的活动。这时使李登辉尴尬为难的事情发生了，同志会的几个人一起要求集体入党，而李登辉却刚刚退出，他又不能够反对和申明，所以只好随大流再次办了入党手续。这期间，吴克泰离开台北，由徐懋德来领导新民主同志会，后来徐跟李登辉就他第二次退党事宜谈过两次，同样未果。
吴克泰跟李登辉虽然政见不同，但并没有影响彼此交往。1997年吴克泰回台湾，李登辉就想见他，因故未果。2002年3月吴克泰再次回台湾时，李登辉就在外双溪私宅会见了他。
李登辉脱离中共的经办人是徐懋德。徐懋德已届八十三岁高龄，当对往事娓娓道来时，记忆的清晰程度胜似年轻人。
中共地下工作者徐懋德在台湾时主要任务是做当地的青年工作。他回忆，与李登辉的正式接触是在1948年的夏天，这之前对李登辉一切他并不怎么了解，因为当时的中共地下党组织的成员都是单线联系，并且有严格的组织纪律，不需要知道的事情就不问，所以对于李登辉以前的事情徐懋德知之甚少。只是在李登辉要求退出共产党组织时，受组织委托，他与李登辉有过两次接触。当时李登辉的年龄是二十五岁，身份是台湾大学的助教。
谈话是在台北川端町李登辉的家里进行的，李的房子是日式的“学寮”（日文意指“宿舍”），房子有两、三间，不是很大，房中的书架上摆满了书籍，其中有很多是日文版马克思、恩格斯的著作。为了争取打通李的思想，徐懋德首先给他谈了全国解放的形势、理论和实践的关系。当问到李登辉要求退党的原因时，李回答说，首先他相信马克思主义学说，相信社会主义，但是，对过中共的组织生活他不合适，不愿意受党的纪律约束，可是作为一个党员因为有纪律又不得不服从。李登辉对共产党的党章、纲领有些地方有不同意见，他也不赞成共产党的土改政策，他还说应该实事求是地表达自己想法，所以要求退党。这是李登辉表面的理由。
但徐懋德认为李登辉是害怕危险而退党。当时台湾形势比较严峻，作为地下党毫无疑问存在一定危险性，也许是他害怕了，所以才决定退缩。李登辉说的退党的理由徐懋德认为是不充分的，因为在他当初加入中共的时候对共产党的方针政策都是认同和赞同的。只是他不怎么了解全国的解放战争的形势，因为他看的都是日文书籍、日本学者的东西，对中国的毛泽东思想了解得很不够。但他现在至少还是中国革命的同情者，为了能够争取挽留住李登辉，留下缓冲的余地，第一次谈话结束时，徐懋德劝他加强学习，继续留在党内。李表示再考虑考虑，由此他们约定十天后再谈一次，再做最后决定。
十天后，他们如约见面。这次谈话仍然是在李登辉的宿舍进行。谈话刚刚开始，李登辉就表示自己经过考虑还是坚持原来的主张，要求退出中共，但他再次表示相信马克思主义学说，今后愿意以一个学者的身份继续研究马克思主义、研究台湾的农业问题。徐懋德就告诉李登辉说：既然这样，组织上同意他的做法，加入中共不是谁想参加都可以参加的，要经过组织考验和审查通过，现在你想退出组织，你有退党的自由，但是你必须对过去知道的一些事情保密，涉及到组织上的一切事情都不能够跟外人讲，你退了党，大家以后仍然还是朋友。李登辉表示接受徐懋德的意见。
当记者问及李登辉退出中共后，有没有出卖组织的行为时，徐老从书房拿出了厚厚的上下两册的书籍——当年台湾安全局机密文件《历年办理匪案汇编》。这本书的上册一百八十六页记载了所谓“匪台湾省工委会台大法学院叶城松等叛乱案”。在文件中记述，这个案子共有叶城松等五个人被判死刑；“案情摘要”中说：“叶城松于三六年十月间，由奸匪李登辉介绍参加匪帮，受杨匪廷椅领导，担任台大法学院书记。”李敖就曾以此认为“可见李登辉逍遥法外，一定是事出有因了”。徐老说，这只是李敖的看法，至于事实如何，现在难以确定。
李登辉对蒋氏家族恩将仇报
1947年初，二·二八事件爆发，身为左派青年的李登辉，在自己的著作里面，对自己和二·二八的关系有以下这样的说明：“或许有人会问，当时我在哪里？事实上，当时我也是被镇压的对象之一……生为台湾人，既对台湾的未来充满使命感，也对于学习农业政策怀抱着满腔热忱，正值年轻的我，怎么可能在当时的情况下，还不问世事，闭门苦读？”然而，由于与地下党的领导人有些不愉快，李登辉在1947年9月退出了地下党。虽然退出了地下党，随即又参加了一个叫做“新民主同志会”的地下党外围团体，彼此一起研读《新民主主义论》和《论人民民主专政》等左派进步书籍。后来，李登辉对于当年曾为共产党员一事做出了以下的总结：“三十岁前不相信共产主义是没梦想；三十岁后还相信共产主义叫不实际”。
1949年，李登辉从台大农经系毕业，并留在学校当讲师，这时他是26岁。毕业不久，他与淡水地主之女曾文惠相亲结婚，她毕业于台北第三高女。1950年，他生下长子李宪文，两年后，他获得中美基金奖学金，首次赴美，到爱荷华州立大学（lowa State University）研究农业经济。由于他认真苦读，短短一年就拿到硕士学位，1953年自美返国，担任“台湾省农林厅”技士及经济分析股股长，同时也在台大的母校担任兼任讲师。之后，他又陆续转到“合作金库”以及“中国农业复兴联合委员会”就职，担任的都是研究性质的工作。“农复会”是美援机构，待遇非常好，李登辉因此在那里一待就是12年。在这期间，他曾经于1960年被“调查局”逮捕，未经判决就被拘留四个半月。但因为他在“农复会”表现极好，当时该会的负责人沈宗瀚就委托蒋彦士向治安当局交涉，后来“调查局”才无罪释放了李登辉。
1965年，李登辉获得美国洛克菲勒农业经济协会以及康乃尔大学联合奖学金，前往康乃尔大学（ComeIIUniversity）攻读农业经济博士。据他的指导教授指出，李登辉经常邀请台湾留学生到他的住处高谈阔论，有时以他拿手的牛排或饺子招待他们，1970年四·二四刺蒋案的主角黄文雄，也是受过他招待的学生。1968年，李登辉正式取得农业经济学的博士学位。他的论文〈Intersectional Capital Flows in the Economic Development of Taiwan，1895-1960〉，曾荣获美国农学会全美杰出论文奖，同时也在1971年由母校的康大出版社正式出版。李登辉在1968年一提出论文以后，立刻返国，回国后被聘为台大教授兼“农复会”技正，开始进入政坛。
1969年6月，可能是由于在海外与台独运动参与者有过接触，李登辉再一次被警备总部约谈，第一次约谈的时间长达17个小时，之后又持续了一个礼拜才结束，这段时间是李登辉全家的黑暗时代。这件事使他下定决心，如果他有机会执政的话，绝不愿意他的同胞再忍受这种白色恐怖之苦。
1970年，联合国开发总署东亚支部邀请他到曼谷主讲农业经济问题时，即使他已经是闻名国际的农业专家，政府仍以在“观察中”的理由，不让他出境。
不过，却也因为这次事件的发生，当时“农复会”的上司沈宗瀚将李登辉以农业问题专家的身分，在1971年8月介绍给蒋经国。当时，蒋经国正准备接掌最高权力，十分需要人才，于是就劝诱李登辉加入国民党。同年10月，在经济学者王作荣的介绍下，李登辉加入了国民党。翌年，蒋经国担任“行政院院长”的职务，李登辉以“政务委员”入阁，成为最年轻的阁员，时年49岁。自此之后的六年之间，他担任农业专长的“政务委员”。这时他跑遍了各地农村，曾把运作25年、对农村影响甚大的“肥料换毂”制度废除掉。
1978年，蒋经国任命李登辉为“台北市长”。在担任“台北市长”的这三年期间，李登辉最大的贡献是推动台北艺术季，兴建翡翠水库，并广开门路，与市民多所接触，尽可能避免落人官僚主义的窠臼之中。1981年，李登辉被任命为“台湾省主席”。在“省主席”任内，他提倡“八万农业大军”，并培养“核心农家”，同时成功地处理二重疏洪道的纠纷。他在“省主席”期间最大的成就，就是“引进区域发展观念，促进农业改革及城乡的平衡发展，同时运用他的农业专业知识，推进稻田转作，改进农产品运销，大幅提升乡村的生活水准”。
1984年，蒋经国提名李登辉为“副总统”，并经“国民大会”选举，当选第七任“副总统”。蒋经国这个决定，让不少党国元老感到意外与难过。在“副总统”任内，他除了辅佐蒋经国推动各项改革大业，也经常陪蒋经国巡视金门、马祖，他对“总统”表现得非常尊敬，赢得了蒋氏的信任。
1988年1月13日，蒋经国过世，李登辉继任“总统”职位。他担任“总统”前两年，由于国民党保守派不断地挑战，纷争不断。李登辉借着民意支持，及民进党和国民党内开明派的配合，终使政局逐渐稳定，并开始推动各项政治改革。1990年7月，李登辉召开“国是会议”，征求各界意见作为“宪政改革”参考，配合该年“三月学运”的要求，解决第一届“国民大会代表”及第一届“立法委员”退职问题。1991年5月经由制定“宪法”增修条文，宣布终止动员戡乱时期，废止动员戡乱时期临时条款。
李登辉在任“总统”之初及其以前一直宣称支持中国统一，但是后来逐渐主张台湾本土化，宣布“两岸关系是特殊的国与国的关系”。2000年下台后继续主张台湾独立，成为台湾独立运动的领导者之一。2000年国民党选举失败后，辞去国民党主席职务，后又被迫退出国民党，由亲信组建了急独政党——台湾团结联盟，担任精神领袖，主张建立台湾共和国。李登辉卸任后毫不避讳地表现台湾独立的主张，对抗中国。李登辉一生先后具有日本人，共产党，国民党，台独领袖等迥异的身分和多面派嘴脸。
1995年的“中华民国”“国庆日”，他这样表示：“四十多年来我们之所以奋斗不懈，就是要为将来中国的统一立下可供遵循的典范”。此外，他也曾在接见美国联邦众议员坎贝尔（TomCampbell11）的时候，说出“‘台独’只会断送国家的大好前途，牺牲社会的安定繁荣，这是不可能，也不应该的”这样的话语。然而，他在某些场合的发言，却又常常表达出他强烈的台独意识。
1996年，李登辉与连战搭档，以54.0%的得票率，赢得了“中华民国”第一任“民选总统”的职位。在当选“民选总统”前后，李登辉对两岸关系的态度发生了明显的变化。在1999年7月，他在接受“德国之声”录影专访的时候，提到海峡两岸的关系，是“国与国之间的特殊关系”，这也就是臭名昭著的“两国论”。他在受访时这样表示：历史的事实是，1949年中共成立以后，从未统治过中华民国所辖的台、澎、金、马。……1991年修宪以来，已将两岸关系定位在国家与国家，至少是特殊的国与国的关系，而非一合法政府，一叛乱团体，或一中央政府，一地方政府的“一个中国”的内部关系。所以，您提到北京政府将台湾视为“叛离的一省”，这完全昧于历史与法律上的事实。
2000年5月台湾“大选”，由于宋楚瑜的参选、李登辉又在背后暗施诡诈，使得不少国民党的本土派支持者转向民进党所提名的陈水扁。最后的结果，陈水扁当选“中华民国”“第十任总统”。下台的李登辉，实现了他自己所希冀“任内和平转移政权”的理想。统治台湾五十多年的国民党经过这次大选变成了在野党。2001年7月，李登辉出面主导国民党内的本土派及一些政治立场比较偏向台湾独立的人士，成立了“台湾团结联盟”。在卸下“总统”的职位之后，李登辉终于吐露出了埋藏在心中已久的台湾独立主张。他公开指出，“中华民国”这个招牌在国际社会上早就不存在了，台湾应该加速正名，脱掉“中华民国”这个老旧的招牌。于是，李登辉虽然名义上已经离开政坛，但仍然被很多台湾独立运动的参与者视为是该运动的“精神领袖”。
李登辉之所以能在台湾政坛上官运亨通，首先得益于蒋经国所推行的“本土化”用人政策；他后来能登上台湾政权之巅也是缘于蒋经国的一手提拔。1984年李登辉被蒋经国提升为“副总统”，并进入中常会，刻意培植其为接班人。1986年任“十二人革新小组”成员，后接替严家淦任总召集人，研拟政治革新方案。1988年1月13日，蒋经国逝世当天继任“总统”，旋即出任国民党代理主席，“国民党十三大”上正式当选主席。
然而，李登辉对待蒋经国的“知遇知思”却是恩将仇报。李登辉宣誓就任“总统”时，曾宣称要继承蒋经国遗志，推行“民主宪政”，坚守“反共复国。”
决策，早日完成“以三民主义统一中国”的使命。上台后，却立即致力于摆脱“蒋家王朝”的阴影，无情压制蒋氏势力，期以建立一个以自己的意志为核心的“李氏江山”。蒋经国的弟弟蒋纬国和蒋经国的四个儿子蒋孝武、蒋孝勇、章孝严、章孝慈，都想在国民党“十三大”上挤人中央委员会，还想让蒋纬国进入“中常委”，结果这些人连个中央委员都未能捞到。而且李登辉还一改蒋经国期待和谈的愿望，抛出了他蓄谋已久的“台独”主张，成了两岸和平统一的千古罪人。
台湾两岸政策的早期负责人
由于马英九在党务和行政方面都取得很大成绩，很多人反而淡忘了他长期以来在推动两岸交流和拟订大陆政策中所扮演的角色。在两岸关系问题上，他反对“台独”，主张渐进统一。1987年台湾当局开放老兵返乡探亲，他是积极推动者。“陆委会”成立后，他兼任“副主委”，成为台当局早期两岸政策的负责人。
马英九从政以来，大部分职务都是国民党上层安排的，只有1991年郝柏村组“阁”时，他主动辞去“研考会主委”而专任“陆委会副主委”。他说：
“今后5年、10年、20年，两岸政策都是我们生存发展的关键。”外界为他的职务调降叫屈，但对他知之甚深的前“司法院长”施启扬说：“马英九参与大陆工作，纯粹是出于理想和抱负，从不计较个人名分。”台湾著名政论家阮大仁盛赞他是“台湾少见的‘大陆型’政治人物，格局很大”。
执政党宣布“解严”与“开放党禁”后，就开始推动一连串的政治改革，包括解除报禁、通过“集会游行法”、开放大陆探亲、“国会”全面改选、终止动员“戡乱时期”及“修宪”通过“总统”、“副总统”、“台湾省省长”、北高两院“辖市”市长均改为直接民选等。
党禁的开放，使得新政党如雨后春笋般出现。根据内政部统计，目前向政府登记的政党数目高达八十四个之多。不过，在这些政党中，较具有政治影响力的只有国民党、民进党和新党。新党是在1993年由一批不满党内路线和领导作风的国民党立委脱离国民党而成立。新党的成立，使得台湾的政党竞争，逐渐从国民党和民进党的两党竞争，转变为三党竞争的型态。
三党竞争的态势可在1994年的省（市）长选举中看出。该次选举，新党虽只得到百分之七点七的选票，但是，新党的赵少康在“台北市市长”的选举中，得票率高于国民党的黄大洲，而民进党的陈水扁则赢得了“台北市市长”的选举。整体来看，国民党在选举中赢得了“台湾省省长”和“高雄市市长”的席位，总得票率为百分之五十二点五，而民进党的总得票率为百分之三十九点四二；因此，从1994年的省（市）长和县（市）议员选举中，已可看出三党竞争的雏形。到了1995年底的立法委员选举，国民党获得了八十五席，得票率为百分之四十六点零六，民进党得到五十四席，得票率为百分之三十三点一七，而新党则赢得了二十一席，得票率为百分之十二点九五，使台湾的政党竞争由一党优势转变为两党竞争后，再进一步蜕变为三党竞争。
此外，1996年的“总统”、“副总统”选举，国民党的李登辉和连战得到百分之五十四的选票，民进党的彭明敏和谢长廷得到百分之二十一点一三的选票，新党支持的林洋港和郝柏村则得到百分之十四点九的选票；在同年“国民大会”代表选举中，国民党、民进党、新党的得票率分别为百分之四十九点六八、百分之二十九点八五及百分之十三点六七，更进一步确立了三党竞争的架构。
此时台湾和大陆的关系开始解冻与快速发展。从台湾政府于1987年11月2日正式开放台湾人民赴大陆探亲迄今，两岸关系快速进展，台湾目前每年约有上百万人次赴大陆探亲、观光旅游，及从事学术、文化、体育等交流活动，总计至今已有上千万人次到大陆访问过。在经贸关系上，台湾厂商赴大陆投资的金额，累计已超过五十亿美元，而根据中国方面的统计，台商协议投资金额更高达两百多亿美元；台湾对大陆的投资约占大陆外来投资的百分之八，仅次于香港的百分之六十，而高于美国及日本。此外，两岸互通电话累计超过一亿八千多万次；大陆人士来台从事文教活动，累计亦超过一万三千多人次。
密切的交流和频繁的互动推进了两岸的谈判。为了谈判方便，台湾在1991年2月，成立了半官方性质的海峡交流基金会，接受政府委托处理涉及公权力而政府不便出面处理的两岸事务，十个月后，大陆方面成立了海峡两岸关系协会。这两个单位于1993年4月在新加坡举行首次的历史性“汪辜会谈”，并且签署了四项协议，此后，双方又举行了八次的事务性商谈，持续探讨解决两岸交流所衍生的问题。
此时，马英九领导着“陆委会”，所有关于两岸问题的公开发言，都是他的任务。因此，当时马英九便是台湾两岸关系的代表形象。
但在此时，马英九和李登辉之间，已经出现了小小的矛盾，这种矛盾主要体现在由马英九主持的几项“立法”草案上面。其中最主要的便是《戡乱时期人民团体法》《戡乱时期公职人员选举罢免法》《第一届资深中央民意代表自愿退职条例》。这三大法律文案，均是蒋经国时代便开始的，由马英九主持完成，总设计师当然是蒋经国，大部分条文，早已经获得通过。可李登辉上台后，立即要求对这些条文进行大幅度的修改。一朝天子一朝臣，一个道士一个法，这一点，马英九也能理解。可李登辉毕竟学农业出身，不懂法，却又要专权，修改条文时，一定要按他的意志行事。
马英九不仅在家中很孝顺父母，这种脾气和性格也带到了官场，对长官很尊重，李登辉要改，他也就一遍又一遍地改，直改到李登辉满意为止。
但他并非没有原则，有些地方，涉及法理和重大原则问题，他就会向李登辉耐心解释。李登辉对农业生产很在行，对法律却似懂非懂，又极其固执专横，他的需要就是法理。遇到这种时候，马英九便为难了，只好一次又一次向李登辉陈情。这样的事情一多，李登辉开始对马英九不满，觉得马英九固执，高傲，不听话，瞧不起自己，便有了要冷藏他的意思。
恰在此时，大选结束，李登辉获胜。获胜后的李登辉，第～要务是搬走李焕这个绊脚石。
拥李登辉接班时，李焕是李登辉“主流派”的核心人物。但李登辉从来就是个翻脸无情的人，别说是李焕，就是蒋经国的后人他都丝毫不感恩，谁挡了他的路，或者将影响他的前程，他就要搬走谁。李登辉掌权后，他怕李焕权利大了会造成尾大不掉，便暗中用俞国华来制约李焕，引起李焕的不满。李焕一方面发动倒俞运动，其后又干脆站到了“非主流派”立场，支持蒋纬国、林洋港。台湾的政体，是“府院”两头重，执掌“总统府”和执掌“行政院”，要看谁的势力大，不是东风压倒西风，就是西风压倒东风。李登辉要控制权力，自然不能容忍李焕在身边。所以，他便提拔连战挤走李焕。
最初，李登辉以为这一策略可以达成目的，因为连战和李登辉以及李焕的关系都不错，可算是李焕的学生，他的形象不错，因为连震东的关系，在政界的人脉又很深，还可以赢得提拔新生代的好名声。可是，这一想法透露出去后，立即遭到了反对。最大的反对力量，就是李焕，因为他还想继续连任。而与李焕相关的一些“非主流派”也都反对这一方案。李登辉意识到不妙，便苦思对策，结果想到了一个重要人物郝柏村。
郝柏村是蒋介石的侍从武官，任台湾“国防部长”，陆军一级上将。郝柏村在军界的关系，李登辉深以为忌。现在，让他来当“行政院长”，立即可以将“非主流派”分化瓦解，李焕即使想反对也没用，又可以彻底夺走郝柏村的兵权，也封杀了一个时期以来，在政坛风头正旺的林洋港，真可谓是一石三鸟，用心歹毒。
趁郝柏村组阁之机，李登辉又连带给了马英九一个下马威，将马英九的“研究发展考核委员会”主任委员一职给免了，调他担任“陆委会”副主委。这是降级使用，从“正部级”降到“副部级”，李登辉担心会给人造成把柄，便又在前面加了一个“特任”的帽子，给人的感觉，马英九成了钦差大臣，官高一级了。实际上，贬了就是贬了，加什么帽子都一样。但马英九这个人性格好，心里虽然不快，却也无力和李登辉抗衡，因为他那种“不粘锅”的性格，使他在政坛内并无特别的好到可以“结党营私”的伙伴，势单力薄，所以只好眼睁睁的看着李登辉作弄自己，老老实实的干着自己的本职工作。
1992年，两岸代表（大陆的“海协会”及台湾的“海基会”）首次进行会谈，并发表了“九二共识”的宣言。宣言的中心思想就是“一个中国，各自表述”，意思是指两岸都坚持世上只有一个中国，但对于这种中国的定义，则两岸采用各自的表述方式：大陆方面的解释是：“一个中国”就是解放后的“中华人民共和国”，台澎金马是前国民政府控制的地方，但仍然是中国的领土；台湾方面的解释是：“中国”就是“中华民国”，地域除了被中共占领的中国大陆地区和国民政府所在的台澎金马以外，还包括己宣告独立的外蒙古，以及被俄国占领的唐努乌梁海地区。但不管是大陆还是台湾，都承认世界上只有一个中国，中国大陆和台湾都是中国不可分割的领土，这就是“九二共识”。
由于双方的努力，达成了“九二共识”，即“一个中国，各自表述”。达成这个共识之后，台湾方面，便在“各自表述”上钻字眼。这个功夫，恰恰是法律层面上的，马英九是国际法方面的专家，又是“陆委会”的特任副主委，“表述”工作，是他的分内工作，也是他的专长所在。马英九在“各自表述”上花的工夫，为台湾当局争足了面子。
虽然不久之后，无论是李登辉，还是陈水扁，都将“九二共识”给否定了，但不得不承认，这一共识之中的台湾表述部分，马英九立下了大功。直到今天为止，马英九的两岸观点，仍然坚持“九二共识”的台湾表述部分。这个表述，毫无疑问是站在台湾立场上的，所以，马英九当选国民党主席之后，有舆论说，马英九离“台独”立场越来越近，指的就是他赞成的是“一国两府”。“一国两府”虽然和“一国两制”有本质的区别，不可相提并论，但和“台独”却是完全不同的，因为它始终承认是“一国”。只要承认是“一国”，其他事，按照中共的观点，不论是“两府”还是“两制”，“都可以坐下来谈”。如果不承认是“一国”，那就没了任何共同点了，也就没有必要“坐下来谈”了。
这一时期，马英九除了干这些职责之内的工作之外，还干了大量职责之外的工作。最主要的是主持“修宪”工作。这项工作，在蒋经国时代便已经有了动议，然后由李登辉提出来的。此前“中央民代新陈代谢案”，可以说是为这次“修宪”做准备，而此次“修宪”的重要条款之一，便是“总统”选举办法。
马英九在主持“修宪”文案时，采用的是蒋经国所定的调子，即“委任直选”。所谓委任直选，是指由民众选出“国民大会”代表，再由这些代表根据所代表民众的意愿，投票选举“总统”。这种选举方法，好处是“国代”均由各个地区选出，为当地选民所熟悉或者喜爱，代表着相当的民意。此外，“国代”选举和“总统”选举一次完成，缩小了选举规模，是一种非常节约的选举。当然，肯定也存在弊端，比如“国代”很可能受某些因素左右，只代表个人而不代表民意。又比如，美国选举中所存在的问题，获胜者胜了选举人票，却并不一定胜了民意。
这一方案，李登辉最初也是同意的，因此便成为定案。但是，李登辉表面一套，背后一套。他在暗中发起了这次论争。至于李登辉的个人目的，也十分清楚。自他掌权以来，一直都为一件事感到异常头疼，那就是“府院”分权。“行政院长”虽然由“总统”提名，“立法院”通过，表面上看，“行政院”是在“总统”领导之下。可实际上，在许多方面，“行政院”的职权非常之大，像李登辉这种“总统”远不如蒋经国等能够绝对控制权力的情况下，“行政院。”
便容易形成和“总统”对立的局面。如果“公民直选”，“总统”的职权，在名义上便要大得多，“府院”分权甚至是对立的情况，便不容易出现。此外，李登辉掌权以来，一直存在着争议，他如果能够“民选”当上第一届“民选总统”，这种争议，便自然消失了。
为此，李登辉首先开始在民间搞小动作，一方面煽动一些人出来高叫要搞“公民直选”，另一方面又暗中操纵舆论。如此一来，所有人措手不及，尤其是马英九他们这些负责起草有关文案的人，离三中全会召开只有几天时间，需要拿出一个新的选举方案出来，简直是在开法律的玩笑。
为此，马英九和李登辉便产生了巨大的矛盾，马英九由此看出李登辉这个人极其阴险，为了自己个人的利益，可以置全体民众的利益而不顾，可以置法律的严肃性而不顾，任意枉为。
最终，李登辉利用那些怀有朴素民主意识的民众获得了这次大争论的胜利，极其匆忙地弄出了一个“公民直选”方案。这个方案因为没有充分的酝酿以及多次的讨论修改，存在的弊端是显而易见的，在后来的实际选举中，这些弊端一一显现。由于这一事件，马英九彻底看透了李登辉，两人间的矛盾，愈来愈深。而李登辉也觉得马英九已经不是自己的支持者，便开始在各方面打压他。
马英九扫黑与李登辉的排挤
1993年2月至1996年5月，马英九担任台湾“法务部”部长。以前的“法务部”，基本没什么具体执法行动，相应的执法行为，均由相应的职能部门完成。从某种意义上说，“法务部长”是个闲职，历任“法务部长”做的都是太平官。但马英九做“法务部长”却没闲着。马英九在“法务部”部长任上的政绩，大概从陈水扁一则攻击马英九的话中可以看出点门道：“马英九最自豪的就是查贿选。但是我们发现，马部长任内，共起诉被告7530人，结果被判刑有罪确定的不到一成！其中，省市议长、副议长被起诉了38位，如果依马英九把起诉人数当成政绩的逻辑，结果是没有一个被判有罪；而第三届‘立委’选举，马部长共起诉了5098人，判决确立的竟然不过59人！这又叫什么人权正义？马部长乱查贿选，堪称史无前例！！”正确解读一下这番话，我们发现一个事实，马英九3年任内，仅查贿选，一项，便起诉了7530人。而这些人中，涉及“第三届立委”选举的，便多达5098人。台湾多大个地方？不过2300多万人口而已，比陕西省的人口还少，仅贿选，便涉及如此之多的人。这个数字表明，三年内，每2700人中，便有一人涉及贿选，而2700人中，大约有一半的人没有选举权或者是不会参加投票。数字何其触目惊心。从而也可以看出，马英九查贿选，决心和力度有多大。
据1994年7月18日台湾《自由时报》报道，在1994年基层村里长及乡镇市民代表选举中，据保守估计，有黑道背景的当选者至少有150人，而各县市情况有所不同，台中县各乡镇市民代及村里长的选举中，有20多位黑道人士参选并当选，当选率达100%。彰化县乡镇市民代选举中，有50人当选。嘉义县乡镇市民代选举中，黑道兄弟多以高票当选。高雄县乡镇市与村里长选举，与黑道关系密切的当选者有40多位。台湾不少乡镇市民代，实际成为黑道势力的地盘，黑道治乡的名称，也由此产生。
台湾不仅地方民意机构日益黑化，就连“中央级”民意机构——“立法院”和“国民代表大会”这种最权威的地方，也成为黑道角逐的目标。“黑道老大虽不如地方民意机构那样多，但也有数位，而且，都是位高权重，实力非一般人可比。”据台湾媒体报道，全面直选后的各届“立法院”，一般均有10位左右的黑道“立法委员”，其中更有几位黑道“立法委员”连选连任。尽管有不少“立法委员”本身不是黑道出身，但与黑道关系密切。黑道大佬办红白喜事，往往会有许多“立法委员”公开现身，并且毫不遮掩自己同黑道的关系。
为什么会出现这种情况？看一看李登辉以及他宠信的几位政坛大佬的说法，便可知一二。
李登辉曾说：“黑道势力中外都有，不独台湾才有，社会自由化了，各种力量都可以出来。”按他的说法，黑道的出现，是社会自由化的表征，黑道越猖獗，越表明这个社会自由化程度越高，越民主。而李登辉的信徒则说得更为清楚明白：“当政者应容忍某种程度的金权黑权存在……金权黑权是巨大的社会力，对政权的取得与维持有帮助。”
此人还振振有词地说，“站在民主政治立场，黑社会分子为中华民国国民，享有宪法所赋予的一切基本人权，包括选举与被选举权，及参加政党从事政治活动之权利。既是如此，黑社会分子只要没有被法律制裁剥夺公权，而同时又拥有足够的民众基础，则其被提名或被选为各级民意代表，乃是民主政治之当然现象。”另一位李登辉的要员则说：“黑道也是选民，为什么不能有民意代表？”“黑道都是爱国的，没有黑道就没有中华民国。”
马英九不会持有这样的观点，在他看来，黑道就是犯罪，如果明知这些人是黑帮分子，并且仍然在从事一系列犯罪活动，却不能惩治他们，甚至让他们以非法手段进入各级民意机构，那不仅是对法治的践踏，而且是对人民的犯罪。
刚刚当上“法务部长”时，他看到台湾刑事警察局呈报上来的一份资料，台湾各县市1994年新当选的议员中，有帮派、管训记录及刑事前科者共300人，超过总数的三分之一，在台湾21个县市议会中，这次当选的大部分议会正、副议长有种种不同的犯罪记录和前科，甚至有犯有杀人罪的前罪犯。这份资料令马英九触目惊心，他当即决定开展以贿选为目标的扫黑行动。
他决定采取这项行动的时候，“法务部”的一些公职人员以不同的方式劝他不要太冒尖，这件事肯定吃力不讨好。这类案件因为背景极为复杂，又是有组织犯罪，查起来非常之难，取证的可能更是微乎其微。将涉案者逼急了，万一不能过关，他们也往往是出钱拉上一两个替罪羊了事。结果很可能是打虎不成，自己反被咬上一口。马英九要办这件事，首先便有可能得罪这些情治部门。此外，所有的黑道势力，都有特殊的背景，他们甚至在高层都说得上话，一旦把他们逼急了，自己的乌纱帽便有可能不保。正因为如此，历任“法务部长”都只是当太平官，对于诸多涉及黑道的各类案件，全都睁一只眼闭一只眼。
马英九偏偏不信邪，迅速开始了声势浩大的扫黑行动。他的扫黑行动，主要集中在三大方面，一是肃贪，这是针对官员的；二是查贿，同样针对的是官员；三是扫黑和反毒，这是为了还台湾一个纯净的天空，挽救更多的青少年。更为关键一点，他要做出一种姿态，对黑道势力起到一种威慑作用，从而打开扫黑的局面。
他这边行动一开始，将他的家人吓坏了。家人朋友纷纷劝他，这事别那么张扬，那些黑道人物是不好惹的。黑道也放出风声，叫他别赶尽杀绝，否则先考虑一下自己的归宿。面对重重压力的时候，是他的父亲站出来支持了他。他的父亲对媒体公开说：“文天祥和郑成功只活了39岁，英九已经比他们多活了5年了。诸葛亮死时54岁，英九也只差10岁。”
任职三年间，马英九雷厉风行，肃贪、查贿、扫黑、反毒，共起诉7500多人，其中有将近400人具有“民意代表”身份。因查贿得罪了太多权贵，三年后，他被调任位高权虚的“政务委员”。
1996年，李登辉终于如愿以偿，当选为第一任“民选总统”，此时，他第一个要对付的人，不再是那些国民党的元老级人物，而是那些令他极为不放心的中生代。连战、宋楚瑜、马英九这些崭露头角的人物一个个上了他的黑名单，成为他要对付的第一批。
首先是连战，他从政深得其父真传。据说，他的父亲连震东曾向他面授机宜，告诉他，当官就像骑自行车，要不断地点头，又不断地用力蹬。所以，连战当官，禀承的恰恰是这两个要点。但是，并不等于说他就因此只是言听计从，他当过“外交部长”，又当过一任“台湾省主席”，现在让他当“行政院长”，却又不让他组阁，他自然不乐意，对于李登辉交给他的那一长串名单，他并没有照单全收。例如和李登辉关系极为密切的原“台北市长”黄大洲，竞选连任时输给了陈水扁，便有意要去“行政院”弄一个“部长”当当。李登辉也默许这件事，连战却说：“黄大洲和我是亲戚，现在用他不大好。”挡了驾。同时，他又在“行政院”内安插了几个自己的人。对此，李登辉心中，已经对他产生了不满。
再就是宋楚瑜，李登辉替他安排了一个好职位，让他去当“国防部长”，可是，宋楚瑜志不在此，他知道，一旦涉足军队，想出来不那么容易，而以后自己想在政界更上一层楼的时候，又会有军人不能干政的麻烦。他已经看中了“台湾省主席”这个位置。这件事，让李登辉对宋楚瑜的忠诚起了疑心。
宋楚瑜虽然善于嘴巴冲锋陷阵，同时，也是个实干家，而且能力在所有中生代中，绝对属于第一。他当上“台湾省主席”之后，便一头扎进了基层，全省309个乡镇，他一个不漏地走了一遍，有些乡镇，他甚至去过好几遍。一年多时间，他竟然干了这样一件事，马不停蹄地在乡下奔走，差不多每天就是一个乡镇。他一再宣称，“省主席”的办公室是在台湾省的每个角落。为了这次大巡回，他订了一辆9入座位的福特旅行车，车上备有书报袋、传真机和电话，他在车内就可以随时与台湾当局、省府及地方人士联络。因为宋楚瑜在车上办公，全省范围内，任何一地出现紧急情况，他总是能够第一时间亲临现场指挥，一时间，到处可以见到宋楚瑜的身影，媒体每天都是他的消息，出镜率远远超过了当“总统”的李登辉。
宋楚瑜的影响力迅速扩大，直逼“总统”的李登辉。1994年12月首届“台湾省长”选举，他以473万票当选。这个得票数，令李登辉大吃一惊，他突然想到，如果宋楚瑜竞选“总统”并且同样得到这么多票，那么，他的好日子便到头了。此时，他才真正意识到宋楚瑜想去当“台湾省主席”的真实意图所在。他被这件事吓了一大跳，开始考虑怎样制裁宋楚瑜了。
对付宋楚瑜，并不是太容易，毕竟，宋楚瑜是通过民选的“省长”，任期还没有到，不能轻易调任。结果，他想出一个绝妙的主意：“冻省”。台湾政权管辖仅仅一个省，还需要设立省一级政权吗？这明明就是机构重迭，对于这一问题，实际上，早几年就已经提出来了，只是由于种种原因，一直不曾提上议事日程，现在，他要扳倒宋楚瑜，这是最好的借口。
还是像从前一样，李登辉暗中指示手下人，先让媒体大造一番舆论，然后他又假惺惺地拿到“立法院”讨论。结果自然是很快通过了。于是，他立即宣布停止“省政府”以及“议会”等相应机构的运作。宋楚瑜这个当初捧李登辉上台的“英雄”，就这么轻而易举被干掉了。
对付马英九就更容易了。马英九扫黑，触动了很多人的利益，各种压力随即而来。对于马英九扫黑，李登辉是最恼火的人之一，他让马英九去当“法务部长”，原本是想让他去当“不管部长”的，没料到他生出如此之多的事来，那些有实力的黑道人士，人人自危，自然要向李登辉施加压力。李登辉是台湾黑金政治的总头子，他下面，徒子徒孙不知有多少，这些人利益一旦受到威胁，自然会找李登辉。何况，他早已不喜欢马英九了，现在见马英九成了整个“行政院”最受民众欢迎的一个官员，成了一个政治明星，他深感不安。1995年年底，为了打击马英九，李登辉开始行动。李登辉要除掉某个人，最惯常的做法，就是釜底抽薪，让你当光杆司令，没有任何实权。李登辉越过马英九召集“高层治安会议”，这个会议开完之后，马英九才知道消息。在这次会议上，李登辉开始重用他自己的亲信廖正豪进入“法务部”分掌权力。
李登辉希望的结果是马英九像郝柏村一样，自动提出辞职。可马英九性子好，他明知道李登辉已经对自己极度不满，将自己的权夺走了，但既不吵，也不辞职，只要有机会就施展自己的权力和本事，让李登辉一时间也拿他无可奈何。李登辉没办法了，便一边抱怨他是窝囊废，一边考虑怎样搬走他。
时机终于让李登辉等来了。1996年，治安形势开始迅速恶化。新年钟声刚刚敲响两小时，一声枪响，屏东县“议员”林明顺差点命丧黄泉。接下来的一个月时间里，又发生了几起大案，民进党籍的“立法委员”萧瑞征在自家大楼遭人开枪打死，国民党籍“立法委员”陈涌源在竞选连任时被人开枪打成重伤，高雄“地检署检察官”张金涂遭枪击成重伤。这些大案，无一不与黑道有关，例如萧瑞征曾是“十信案”的风云人物，他将多位大员拉下马，自然有人会仇恨他。而张金涂则是马英九扫黑行动的锋头人物。
两个月后，民进党籍“立法委员”彭绍瑾又在家门口被人砍成重伤。岛内普遍认为，彭绍瑾是因为积极介入反黑金政治而遭报复。因为彭不仅自己介入以及支持马英九行动，而且，多次在“立法会”为马英九张目，公开支持马英九扫黑。这一连串案件的发生，马英九受到了朝野的责难。但实际上，此时的马英九，对于“法务部”已经失去了控制权。李登辉需要的正是这种效果，他当即以社会治安恶化为由，于1996年6月调马英九任无职无权的“政务委员”，由廖正豪接任“法务部长”。廖正豪上任后，治安情况持续恶化。
有人怀疑1996年社会治安恶化是有“高人”在背后指点，此说只是一种怀疑，如果这种怀疑属实，不知是否与李登辉有关。现实是一连串的治安案件，使得连战“内阁”饱受非议，人们并不说这一切都是因为国民党腐败的结果或者是李登辉执行黑金政治的必然结局，而是归罪于连战，说是他领导无方，要求“内阁”集体辞职。恰在此时，发生了白晓燕案。
台湾著名电视节目主持人白冰冰的女儿白晓燕，上学途中遭人绑架勒索，白冰冰虽然准备了赎金，但最终还是遭撕票。此案引起台湾社会极大的轰动，各大媒体，每天都有大量篇幅报道此案的消息。此案发生后，民间对于“政府”的不满达到前所未有的程度，民众纷纷表示，现在“政府”连一个几岁的孩子都保护不了，这样的政府能相信吗？
对于这起案件，马英九内心深处的伤痛，似乎不比白冰冰弱，也不弱于社会上其它任何人，他甚至觉得，白晓燕之死，自己负有不可推卸的责任。
当初，他担任“法务部长”原是想在社会治安方面有一番作为，他也确实在朝着这个方向努力。他甚至公开表态，除非自己被黑社会的子弹打倒，否则，他扫黑的决心不变。可他没有想到的是，自己没有被黑社会的枪子打倒，倒是被自己阵营内部的权力斗争打倒了。这件事，让他对当时的李登辉政府彻底失望。在他看来，如果仍然留在“法务部长”任上，如果扫黑行动没有“政府”方面的阻力，一直持续到现在，白晓燕案，很可能便不会发生。他觉得，白晓燕并不是黑道分子杀的，而是被这个无道的“政府”杀的。
因为对李登辉执政的极度失望，虽然白晓燕案与马英九已经没有丝毫关系，他还是毅然写了辞职信，是“行政院”中第一个为此提出辞职的官员。
他在辞职信中说：“‘国内’接续发生重大事件，社会为之震惊，民怨为之沸腾，英九忝为内阁之一员，对此发展深感痛心、无力，为表负责，乃决定辞去现职。”这句话，真实体现了马英九当时的心情，他是因为感到无力，然后痛心，所以才决定以辞职的方式表达自己的不满，他才会觉得“改革阻力重重，人民积怨日深……若干情势之演变，令人困惑，基层已有‘为何而战’的质疑”。
他的辞职，迅速成为一件大事，许多记者竞相采访他。有一位记者对他说：“最近民众对政府的不满和你并没有什么关系，为什么做出这么大的决定？”马英九回答说：“有没有关系，我觉得是个人的感受问题。”
其实，也并非完全没有关系。这一事件发生后，便有人提出要清算马英九，原因是他在“法务部长”任内，放宽了假释尺度，使得很多罪犯因假释而出狱，此次参与绑架白晓燕的罪犯，便有假释出狱然后又作案的。因为要打击马英九，各方面便拿此说事，他们不谈马英九打击黑势力所取得的成就，也不谈他所顶住的巨大压力，所冒的生命危险，只是盯住了这一点，认为马英九要对白晓燕案负责，要对最近社会治安恶化负责。
但是，民众对马英九却是认同的，得知马英九辞职的消息后，很多人都觉得这是台湾“政府”的一大损失。民进党“立委”叶菊兰公开在“立法院”向马英九表示：“从政多年来，我从未公开赞美一个国民党党员，但今天是例外，我要公开赞美你。”
对于马英九来说，这确实是最高评价，因为这个评价，不是来自他的盟友，不是来自喜爱他的民众，而是来自他的政敌。
马英九的奇闻轶事
马英九不仅工作起来兢兢业业，铁骨铮铮，刚正不阿，热心公益事业，也是岛内最具公益形象的政治人物。作为明星“市长”，马英九给别人颁奖的机会是非常之多的，当然，也有别人给他颁奖的机会，在他所受过的所有奖项中，有一项奖极其特别，即2004年他接受“中华捐血运动协会”所颁发的特别奖。他之所以能够获得这个奖项，是因为34年来，他总共捐血达146次，平均每年捐血达4次以上。
在这次颁奖仪式上，马英九照例发表了一番演讲，他说，捐血不分党派，这些年来，岛内引起了不少的纷争，他建议大家用捐血来化解这些纷争，还台湾一个安宁幸福的社会。同时，他也开玩笑说，血牛已经成为历史，他是“血马”一条。在台湾，捐血的纪录，并非由马英九来保持，而是一个名叫张国森的人，他在27年时间里，捐血805次。
马英九说，勇于卷起袖子输送爱心的情操最能显现“骨肉同胞，血脉相连”的含义，也最让人感动。马英九还称，由于六十岁就不能再捐血，所以他要赶在有生之年“拼业绩”；他的器官捐赠卡“不知签了多少张”，死后的“臭皮囊”早就捐给“慈济”公德会，他幽默地笑着说，“全身没有一处是我的。都被预约光了”。
马英九个人生活很简朴，他说花多了钱会有罪恶感。马英九每天工作17个小时，不抽烟、不上酒家、不跳舞、不赌博，理财法就是把薪水交给老婆。不过他有一个“马英九指定用途信托专户”，担任“国大代表”时的薪水全数捐出，目前有将近300万元，每年固定捐出15万到20万元，作为公益用途。
穿在他身上的其它配件大多是“古董”：内衣要穿到破了才换新、手表是结婚时岳父送的礼物、热爱的蓝衬衫是大姐马以南在三十几年前送他的、球鞋仍是当“法务部长”时那双（鞋底已用飞机胎补了好几次，补一次台币50元，可以沿用一二年）、随手惯用的派克笔现在派克公司已经不出了……他十几年前的西装还会送去改改再穿，在第一次选市长的时候，他终于用断了大三时候的皮带。他只有领带的颜色挺注重，因为常须参加婚丧喜庆，必须合乎礼仪。还有袜子绝不能破洞或补过，因为会不舒适。这样一个声名显赫的政治人物，其节俭程度令人难以置信。
马英九在生活上的自律节俭几乎到了清心寡欲的程度。他恨不得把所有时间都放在工作上，几乎没有私人生活。除了从事政治活动。阅读法律、历史、文化、国际关系方面的书籍，他从不去做一些和工作无关的娱乐活动。这或许和马英九小时候严格的家教有关。父亲教育他不要有任何玩物丧志的不良嗜好，只鼓励他打球或跑步健身。结果跑步成了马英九工作之余唯一的运动。
马英九在任“台北市长”期间，一天两顿只吃盒饭，即使要出席应酬，也是吃过盒饭才去。在宴会上，他几乎不吃东西。他做市长头3年吃了2000个盒饭，并且每次吃个粒米不剩。但是很奇怪，从来没有人认为马英九寒酸，也不觉得他失了什么品味。
马英九爱吃香蕉，午餐总要吃一根香蕉。工作忙来不及吃时，他会把香蕉放在办公桌上等忙完了再吃。有一次，马英九太忙了，香蕉摆到变黑，秘书整理时就把它丢掉了。不料马英九回到办公室，想起那根变黑的香蕉，怎么也找不到，忍不住问秘书。秘书只好尴尬地说，她看香蕉变黑了，就“处理”掉了。马英九虽没有责怪秘书，却慎重地告诉她，香蕉变黑了也可以吃，表面上黑了其实里面还是白的。秘书只好告诉马英九，香蕉已被她吃掉了，马英九这才笑了起来。
马英九身高1.78米，体重75到78千克的骨架，类似西方人的“宽肩厚胸”，帮马英九制作西装的永泰西服老板林丕龄，盛赞马英九的身材。老婆不喜欢他穿浅色衣服，因为看起来比较胖，但他有时会尝试较鲜艳的衬衫，被金溥聪戏称是“香港人风格”。
马英九的右前额总有一绺头发很容易掉下来，因此必须抹上发胶才能服服贴贴。他经常必须面对镜头，因此在家会照镜子模拟，找出自己端正的表情，以免像别人那样眼歪嘴斜或怪动作一堆。他也录自己的音，努力自我练习说话，务求口齿清晰不急不徐，让情绪平稳到不影响说话内容。
马英九有时候让人看来很拘谨，甚至不近人情。他有一位大学时代的好朋友，很早便进入台湾政坛，同样非常有才华，只是官运不佳。马英九虽然比他后跨人政界，却后来居上，33岁便当上了国民党中央党部副秘书长。
朋友想，大家是这么好的朋友，让他提携一下，应该没什么问题。台湾政坛就这个风气，谁不拍谁不送？他买了些东西去拜访马英九，结果，礼物被马英九退了不说，提携的话，也被马英九堵回去了。事后，他心里很气，暗想，真没想到，你是这么个不近人情的，早知就不来求你了。
事过多年，他对马英九不沾锅的性格有所了解，也将这事忘了，仍然和马英九保持着友谊。马英九当上台北“市长”前后，他在政界混得不如意，便急流勇退，弃政从商，自己去办杂志去了。
不久后，两人在一次活动上相遇，马英九问起他的近况，他如实以告。
马英九立即说：“好，我要订你的杂志，一年多少钱？”他心想，都这么好的感情，哪里需要你订？立即说：“你不用订了，我每期给你寄。”
圈内的规矩，如此熟人，又是名人，赠阅杂志，是平常事一件。他也确实打算以后按期给马英九赠杂志，这应该不算是行贿吧。岂料没过几天，收到一张汇款单，是马英九寄来的1000元新台币，订杂志的。他给马英九打电话。马英九说，既然是朋友，我自然应该帮你。当时，这位朋友的感觉是，马英九的思维，和别人是完全不同的，他做事有自己的原则，哪怕是在一些看上去极小的小事上。
马英九还有一位朋友，是花莲县的“县长”，两人的私交不是一般的深厚，彼此来往，礼尚往来是难免的。马英九祖籍湖南，家里一大帮湖南人，因此爱吃辣椒。花莲县出产一种辣椒酱，在台湾非常有名。这个朋友每次来台北，不带别的礼物，只给马英九带辣椒酱。但对于收礼，马英九的原则极强，朋友带来的如果是2瓶，他也就算了。只要超过3瓶，他一定要在市政府的收礼记录簿上登记。
设立市府工作人员收礼登记制度，是马英九当上台北“市长”后的一项政绩。这个簿中，马英九的记录自然是最多的，在他的名录下，多的到数千元的礼物，少的只要价值超过百元新台币，他一定要登记。这个登记簿，使得马英九的仕途如水透明。
马英九当官，不全都是风光的时候，也有颇为尴尬的时候，甚至被污辱的时候。一次他去龙山寺拜票，一行人刚刚走进去，突然，墙角边有人大声用台语喊他“马英狗”，
早1984年，蒋经国对班子进行了一次大调整，推出了台湾两个引人注目的人物，那就是李登辉和马英九——后来李登辉成了接班人，担任了“副总统”；而马英九则平步青云，担任国民党中央党部副秘书长。但让蒋经国始料未及的是，在他去世后，顺理成章当上了“总统”的李登辉不仅恩将仇报，而且把马英九视为眼中钉、肉中刺，必欲除之而后快，二人关系有如水火。
李登辉英文名Lee，Teng-hui，日本名字为“岩里政男”，1923年1月15日，在台湾北部台北州淡水郡三芝庄（今台北县淡水镇三芝乡）埔坪的“源兴居”出生，出生的时候台湾还是日本的殖民地。他的父亲叫李金龙，母亲叫江锦。李登辉是次男，上有年长他两岁的哥哥李登钦，据说在日治时期被调至菲律宾，并在当地战死；此外，他还有一个弟弟叫李炳男，从事贸易工作。
李登辉的父亲李金龙毕业于警察学校，先是担任警察的职务，后来则转到“三芝农业组合”工作，在战后还当选过县议员。童年的李登辉，最大的幸福是生长在一个小康之家，让他有机会接受完整的教育。他曾告诉他的独子李宪文：“我童年的梦想就是集邮，一张张来自外国的邮票，能让自己无限的想象奔驰于各国国度。但对乡下小孩来说，这是个无法实现的梦想”。因为李金龙任职警察，职务调动频繁，因此李登辉也跟着父亲不断地搬家和转学。从六岁到十二岁之间，他念过四所学校，先后在汐止公学校、南港公学校、三芝公学校、以及淡水公学校就读过。在童年时期，转校的频仍使他交不到朋友。往往好不容易有了朋友，又因为父亲再次调动，而中断交往。正值多愁善感年龄的他，也因而变得有些内向，并产生强烈的自我意识。他所喜爱的是对自我内在世界的探索。闲暇时，总是一个人静静地看书，或望着窗外的雨景，独自素描。一直到今天，油画、水彩画，都还是他最大的兴趣。
李登辉于淡水公学校毕业以后，曾去投考台北二中（现在的成功中学），却没有考上，于是先在私立台北国民中学（今大同国中）就读一年，然后在1938年转学至淡水中学二年级就读。李登辉在淡水中学是最优秀的学生，几乎各科成绩都是排名第一。他的努力终于得来回报，只念四年中学就在1941年考上台北高等学校。这对淡水中学来讲，是空前绝后的荣誉。就在李登辉考上台北高等学校的前一年，日本殖民当局所推行的“皇民化运动”，开始正式推展所谓的“改姓名运动”。父亲曾经当过日本警察的李登辉，也在该运动中更改姓名为“岩里政男”。
当时就读旧制高等学校的学生，被视为理所当然在毕业后要进入帝国大学读书，成为明日菁英的准人才，因此，高校学生得以不问世事，享受教养生活与自由校风。李登辉自身回忆“旧制高校时代的生活实在是非常愉快。”
1943年9月，李登辉毕业于台北高等学校，同年10月，他进入日本京都帝国大学农学部农业经济系就读。1944年1月，在日本京都帝大入伍，服役期间投考日本“千叶高射炮学校”，8月19日晋升陆军少尉，并在高雄退伍。在日本待了三年之后，他于1946年返回台湾，转学进入台湾大学农业经济系就读，并于1949年毕业。1947年的二·二八事件发生的时候，他是台大二年级的学生。为什么李登辉会选择农业经济系就读呢？根据他自己的说法，一方面，他在小时候看到佃农们的辛苦，想为他们打抱不平。另一方面，他则是在思想上受到高等学校历史老师盐见熏的影响，读马克思主义的历史观，谈中国的历史，使他深受影响。为了想把农业与马克思经济学相结合，于是选择农业经济作为他人生的研究目标。
当时，正是战争打得正火热的时侯，校内几乎没留下什么日本学生，文科系的学生，也都几乎全被征去当兵。这个时期的李登辉，一方面为日益短缺的食物问题发愁，一边只能自己学习“农业簿记”，或研读河上肇或马克思等社会主义相关书籍。李登辉自己曾这样说：“大学时期，我遍读马克思及恩格斯的著作，对马克思的主要著作《资本论》也曾深加钻研，反复读过好几遍。”随着战局的吃紧，文科学生也被纳入学徒出征。1944年，李登辉在短暂的回台受训后，再度编回日本千叶高射炮部队做见习士官，但未及奔赴战场，就在千叶迎接了日本的败战。
战争结束后，到底要重返京都帝大继续未完成的学业，还是返回台湾？
这个问题使李登辉苦恼不已。最后，他决定返回故乡台湾。他在1946年春天返回台湾，进入原台北帝国大学所改制的台湾大学就读。当时台湾的大学生，在战后的一片混乱当中，每天为生活所逼而无心上课，本来对来接收的中国政府寄以无限期待，但一旦接触到大陆出身的官僚后，立刻由希望转为失望，终于对祖国感到幻灭，而极度悲哀。对身为台湾知识份子却深受日本教育影响的李登辉而言，这种悲哀更为深刻。回到台湾不久，经由身兼中国共产党“台北市工作委员会”书记吴克泰的邀请，李登辉加入了中共在台湾的地下党，并且在1946年9月被批准入党。吴克泰是土生土长的台湾人，他生于台湾省宜兰县。他的经历充满传奇，影响最大的事件就是介绍李登辉加入中国共产党。
1945年8月，日本投降后不久，吴克泰考取了上海震旦大学经济系，在学校时接受进步思想后加入中国共产党。1946年3月，回到家乡台北。不久，便回台湾大学复学。吴克泰来到台大法学院学习，并很快和台湾创立不久的中共地下党组织接上了头。当时的李登辉刚刚从日本回来不久，在台湾大学的农学院就读。作为过去认识的朋友，他们很快就谈到了一起，李登辉还把自己从日本带回来的日文版《资本论》拿出来向吴克泰炫耀，并表示放暑假后回家要好好通读。
因为在这之前他们就比较熟悉，以后便经常在一起谈天说地，直至最后成为无话不谈的朋友。有一次李登辉把他父亲当过刑事警察、同曾文惠的父亲是同事、关系非常要好等这些家事隐私都说给吴克泰听。还有一次，李登辉一高兴，把曾文惠的父亲曾允诺他等曾家两个姐妹长大后，由他任选一个为妻的事情也告诉了吴克泰，李登辉还犹豫地说，只是他还没有决定要娶哪一个。
他们在一起也经常讨论时事问题，吴克泰说虽然李登辉是自己的学长，但他没有架子，在探讨有关中国国内的问题时，吴克泰的一些观点，李登辉都能理解并且接受。吴克泰说，当时李登辉给他留下的印象比较厚道，肯用功读书，做事认真。看到是水到渠成的时候了，吴克泰便萌发了发展他加入中共组织的念头。1946年9月的一天，吴克泰同李登辉认真地谈起了想发展他加入中国共产党地下组织的动机，李登辉表示愿意加入。根据要求，他还写了一份自传。上级很快就批准李登辉入党，并规定吴克泰同李登辉单线联系。此后，他们基本上每星期都在李登辉家里见一次面。李登辉的党费每月都是由吴克泰转交组织，中共的一些纲领性文件和宣传刊物则由吴克泰转交给他。
李登辉入党后，组织上没有交给他什么具体的任务。不久，北京发生了美军强奸沉崇案件，全国很多大学举行了示威游行，抗议美军的暴行。1947年1月9日，台湾爆发了中学以上的学校基本上全部参加的历史上规模最大的抗议游行，吴克泰是这次游行的组织、领导者之一。当时他还兼任《人民导报》、《自由报》、《中外日报》的记者。游行之前，尽管有国民党竭力阻挠，威胁恐吓，但当天仍有一万多人在新公园开大会并走向大街。当时国民党当局三令五申不许学生参加，形势比较紧张。
为了保存力量，中共地下党员是可以不参加这次活动的，但当台大学生游行队伍走到新公园附近的时侯，吴克泰一下发现了李登辉，因为李的一米八几的高个子比较显眼，吴克泰说这事给他留下了很深刻的印象。
李登辉还参加了“二·二八”运动。在这之后，党的活动暂时停止，遭到通缉的吴克泰来到了上海，这期间就没再跟李登辉联系。八月下旬，地下党省工委根据工作需要，任命吴克泰为台北市工委委员、学生委员会书记。过了没多久，省工委书记找到吴克泰说李登辉要求退党，让他去了解一下情况。吴在曾文惠家找到李登辉，问他为什么要退党，李登辉回答说党内不纯，有人有野心。吴克泰看劝不下来，就说既然这样也不能勉强，就同意了。
退党时，李登辉还主动表示会保守党的秘密，同时也要求组织为他的这段历史保守秘密，算是定的君子协定。之后吴克泰就与李登辉只剩下私人之谊的朋友关系。
李登辉要求退党后，地下党还有一个外围组织叫新民主同志会，是一个进步组织，他还参加他们的活动。这时使李登辉尴尬为难的事情发生了，同志会的几个人一起要求集体入党，而李登辉却刚刚退出，他又不能够反对和申明，所以只好随大流再次办了入党手续。这期间，吴克泰离开台北，由徐懋德来领导新民主同志会，后来徐跟李登辉就他第二次退党事宜谈过两次，同样未果。
吴克泰跟李登辉虽然政见不同，但并没有影响彼此交往。1997年吴克泰回台湾，李登辉就想见他，因故未果。2002年3月吴克泰再次回台湾时，李登辉就在外双溪私宅会见了他。
李登辉脱离中共的经办人是徐懋德。徐懋德已届八十三岁高龄，当对往事娓娓道来时，记忆的清晰程度胜似年轻人。
中共地下工作者徐懋德在台湾时主要任务是做当地的青年工作。他回忆，与李登辉的正式接触是在1948年的夏天，这之前对李登辉一切他并不怎么了解，因为当时的中共地下党组织的成员都是单线联系，并且有严格的组织纪律，不需要知道的事情就不问，所以对于李登辉以前的事情徐懋德知之甚少。只是在李登辉要求退出共产党组织时，受组织委托，他与李登辉有过两次接触。当时李登辉的年龄是二十五岁，身份是台湾大学的助教。
谈话是在台北川端町李登辉的家里进行的，李的房子是日式的“学寮”（日文意指“宿舍”），房子有两、三间，不是很大，房中的书架上摆满了书籍，其中有很多是日文版马克思、恩格斯的著作。为了争取打通李的思想，徐懋德首先给他谈了全国解放的形势、理论和实践的关系。当问到李登辉要求退党的原因时，李回答说，首先他相信马克思主义学说，相信社会主义，但是，对过中共的组织生活他不合适，不愿意受党的纪律约束，可是作为一个党员因为有纪律又不得不服从。李登辉对共产党的党章、纲领有些地方有不同意见，他也不赞成共产党的土改政策，他还说应该实事求是地表达自己想法，所以要求退党。这是李登辉表面的理由。
但徐懋德认为李登辉是害怕危险而退党。当时台湾形势比较严峻，作为地下党毫无疑问存在一定危险性，也许是他害怕了，所以才决定退缩。李登辉说的退党的理由徐懋德认为是不充分的，因为在他当初加入中共的时候对共产党的方针政策都是认同和赞同的。只是他不怎么了解全国的解放战争的形势，因为他看的都是日文书籍、日本学者的东西，对中国的毛泽东思想了解得很不够。但他现在至少还是中国革命的同情者，为了能够争取挽留住李登辉，留下缓冲的余地，第一次谈话结束时，徐懋德劝他加强学习，继续留在党内。李表示再考虑考虑，由此他们约定十天后再谈一次，再做最后决定。
十天后，他们如约见面。这次谈话仍然是在李登辉的宿舍进行。谈话刚刚开始，李登辉就表示自己经过考虑还是坚持原来的主张，要求退出中共，但他再次表示相信马克思主义学说，今后愿意以一个学者的身份继续研究马克思主义、研究台湾的农业问题。徐懋德就告诉李登辉说：既然这样，组织上同意他的做法，加入中共不是谁想参加都可以参加的，要经过组织考验和审查通过，现在你想退出组织，你有退党的自由，但是你必须对过去知道的一些事情保密，涉及到组织上的一切事情都不能够跟外人讲，你退了党，大家以后仍然还是朋友。李登辉表示接受徐懋德的意见。
当记者问及李登辉退出中共后，有没有出卖组织的行为时，徐老从书房拿出了厚厚的上下两册的书籍——当年台湾安全局机密文件《历年办理匪案汇编》。这本书的上册一百八十六页记载了所谓“匪台湾省工委会台大法学院叶城松等叛乱案”。在文件中记述，这个案子共有叶城松等五个人被判死刑；“案情摘要”中说：“叶城松于三六年十月间，由奸匪李登辉介绍参加匪帮，受杨匪廷椅领导，担任台大法学院书记。”李敖就曾以此认为“可见李登辉逍遥法外，一定是事出有因了”。徐老说，这只是李敖的看法，至于事实如何，现在难以确定。
李登辉对蒋氏家族恩将仇报
1947年初，二·二八事件爆发，身为左派青年的李登辉，在自己的著作里面，对自己和二·二八的关系有以下这样的说明：“或许有人会问，当时我在哪里？事实上，当时我也是被镇压的对象之一……生为台湾人，既对台湾的未来充满使命感，也对于学习农业政策怀抱着满腔热忱，正值年轻的我，怎么可能在当时的情况下，还不问世事，闭门苦读？”然而，由于与地下党的领导人有些不愉快，李登辉在1947年9月退出了地下党。虽然退出了地下党，随即又参加了一个叫做“新民主同志会”的地下党外围团体，彼此一起研读《新民主主义论》和《论人民民主专政》等左派进步书籍。后来，李登辉对于当年曾为共产党员一事做出了以下的总结：“三十岁前不相信共产主义是没梦想；三十岁后还相信共产主义叫不实际”。
1949年，李登辉从台大农经系毕业，并留在学校当讲师，这时他是26岁。毕业不久，他与淡水地主之女曾文惠相亲结婚，她毕业于台北第三高女。1950年，他生下长子李宪文，两年后，他获得中美基金奖学金，首次赴美，到爱荷华州立大学（lowa State University）研究农业经济。由于他认真苦读，短短一年就拿到硕士学位，1953年自美返国，担任“台湾省农林厅”技士及经济分析股股长，同时也在台大的母校担任兼任讲师。之后，他又陆续转到“合作金库”以及“中国农业复兴联合委员会”就职，担任的都是研究性质的工作。“农复会”是美援机构，待遇非常好，李登辉因此在那里一待就是12年。在这期间，他曾经于1960年被“调查局”逮捕，未经判决就被拘留四个半月。但因为他在“农复会”表现极好，当时该会的负责人沈宗瀚就委托蒋彦士向治安当局交涉，后来“调查局”才无罪释放了李登辉。
1965年，李登辉获得美国洛克菲勒农业经济协会以及康乃尔大学联合奖学金，前往康乃尔大学（ComeIIUniversity）攻读农业经济博士。据他的指导教授指出，李登辉经常邀请台湾留学生到他的住处高谈阔论，有时以他拿手的牛排或饺子招待他们，1970年四·二四刺蒋案的主角黄文雄，也是受过他招待的学生。1968年，李登辉正式取得农业经济学的博士学位。他的论文〈Intersectional Capital Flows in the Economic Development of Taiwan，1895-1960〉，曾荣获美国农学会全美杰出论文奖，同时也在1971年由母校的康大出版社正式出版。李登辉在1968年一提出论文以后，立刻返国，回国后被聘为台大教授兼“农复会”技正，开始进入政坛。
1969年6月，可能是由于在海外与台独运动参与者有过接触，李登辉再一次被警备总部约谈，第一次约谈的时间长达17个小时，之后又持续了一个礼拜才结束，这段时间是李登辉全家的黑暗时代。这件事使他下定决心，如果他有机会执政的话，绝不愿意他的同胞再忍受这种白色恐怖之苦。
1970年，联合国开发总署东亚支部邀请他到曼谷主讲农业经济问题时，即使他已经是闻名国际的农业专家，政府仍以在“观察中”的理由，不让他出境。
不过，却也因为这次事件的发生，当时“农复会”的上司沈宗瀚将李登辉以农业问题专家的身分，在1971年8月介绍给蒋经国。当时，蒋经国正准备接掌最高权力，十分需要人才，于是就劝诱李登辉加入国民党。同年10月，在经济学者王作荣的介绍下，李登辉加入了国民党。翌年，蒋经国担任“行政院院长”的职务，李登辉以“政务委员”入阁，成为最年轻的阁员，时年49岁。自此之后的六年之间，他担任农业专长的“政务委员”。这时他跑遍了各地农村，曾把运作25年、对农村影响甚大的“肥料换毂”制度废除掉。
1978年，蒋经国任命李登辉为“台北市长”。在担任“台北市长”的这三年期间，李登辉最大的贡献是推动台北艺术季，兴建翡翠水库，并广开门路，与市民多所接触，尽可能避免落人官僚主义的窠臼之中。1981年，李登辉被任命为“台湾省主席”。在“省主席”任内，他提倡“八万农业大军”，并培养“核心农家”，同时成功地处理二重疏洪道的纠纷。他在“省主席”期间最大的成就，就是“引进区域发展观念，促进农业改革及城乡的平衡发展，同时运用他的农业专业知识，推进稻田转作，改进农产品运销，大幅提升乡村的生活水准”。
1984年，蒋经国提名李登辉为“副总统”，并经“国民大会”选举，当选第七任“副总统”。蒋经国这个决定，让不少党国元老感到意外与难过。在“副总统”任内，他除了辅佐蒋经国推动各项改革大业，也经常陪蒋经国巡视金门、马祖，他对“总统”表现得非常尊敬，赢得了蒋氏的信任。
1988年1月13日，蒋经国过世，李登辉继任“总统”职位。他担任“总统”前两年，由于国民党保守派不断地挑战，纷争不断。李登辉借着民意支持，及民进党和国民党内开明派的配合，终使政局逐渐稳定，并开始推动各项政治改革。1990年7月，李登辉召开“国是会议”，征求各界意见作为“宪政改革”参考，配合该年“三月学运”的要求，解决第一届“国民大会代表”及第一届“立法委员”退职问题。1991年5月经由制定“宪法”增修条文，宣布终止动员戡乱时期，废止动员戡乱时期临时条款。
李登辉在任“总统”之初及其以前一直宣称支持中国统一，但是后来逐渐主张台湾本土化，宣布“两岸关系是特殊的国与国的关系”。2000年下台后继续主张台湾独立，成为台湾独立运动的领导者之一。2000年国民党选举失败后，辞去国民党主席职务，后又被迫退出国民党，由亲信组建了急独政党——台湾团结联盟，担任精神领袖，主张建立台湾共和国。李登辉卸任后毫不避讳地表现台湾独立的主张，对抗中国。李登辉一生先后具有日本人，共产党，国民党，台独领袖等迥异的身分和多面派嘴脸。
1995年的“中华民国”“国庆日”，他这样表示：“四十多年来我们之所以奋斗不懈，就是要为将来中国的统一立下可供遵循的典范”。此外，他也曾在接见美国联邦众议员坎贝尔（TomCampbell11）的时候，说出“‘台独’只会断送国家的大好前途，牺牲社会的安定繁荣，这是不可能，也不应该的”这样的话语。然而，他在某些场合的发言，却又常常表达出他强烈的台独意识。
1996年，李登辉与连战搭档，以54.0%的得票率，赢得了“中华民国”第一任“民选总统”的职位。在当选“民选总统”前后，李登辉对两岸关系的态度发生了明显的变化。在1999年7月，他在接受“德国之声”录影专访的时候，提到海峡两岸的关系，是“国与国之间的特殊关系”，这也就是臭名昭著的“两国论”。他在受访时这样表示：历史的事实是，1949年中共成立以后，从未统治过中华民国所辖的台、澎、金、马。……1991年修宪以来，已将两岸关系定位在国家与国家，至少是特殊的国与国的关系，而非一合法政府，一叛乱团体，或一中央政府，一地方政府的“一个中国”的内部关系。所以，您提到北京政府将台湾视为“叛离的一省”，这完全昧于历史与法律上的事实。
2000年5月台湾“大选”，由于宋楚瑜的参选、李登辉又在背后暗施诡诈，使得不少国民党的本土派支持者转向民进党所提名的陈水扁。最后的结果，陈水扁当选“中华民国”“第十任总统”。下台的李登辉，实现了他自己所希冀“任内和平转移政权”的理想。统治台湾五十多年的国民党经过这次大选变成了在野党。2001年7月，李登辉出面主导国民党内的本土派及一些政治立场比较偏向台湾独立的人士，成立了“台湾团结联盟”。在卸下“总统”的职位之后，李登辉终于吐露出了埋藏在心中已久的台湾独立主张。他公开指出，“中华民国”这个招牌在国际社会上早就不存在了，台湾应该加速正名，脱掉“中华民国”这个老旧的招牌。于是，李登辉虽然名义上已经离开政坛，但仍然被很多台湾独立运动的参与者视为是该运动的“精神领袖”。
李登辉之所以能在台湾政坛上官运亨通，首先得益于蒋经国所推行的“本土化”用人政策；他后来能登上台湾政权之巅也是缘于蒋经国的一手提拔。1984年李登辉被蒋经国提升为“副总统”，并进入中常会，刻意培植其为接班人。1986年任“十二人革新小组”成员，后接替严家淦任总召集人，研拟政治革新方案。1988年1月13日，蒋经国逝世当天继任“总统”，旋即出任国民党代理主席，“国民党十三大”上正式当选主席。
然而，李登辉对待蒋经国的“知遇知思”却是恩将仇报。李登辉宣誓就任“总统”时，曾宣称要继承蒋经国遗志，推行“民主宪政”，坚守“反共复国。”
决策，早日完成“以三民主义统一中国”的使命。上台后，却立即致力于摆脱“蒋家王朝”的阴影，无情压制蒋氏势力，期以建立一个以自己的意志为核心的“李氏江山”。蒋经国的弟弟蒋纬国和蒋经国的四个儿子蒋孝武、蒋孝勇、章孝严、章孝慈，都想在国民党“十三大”上挤人中央委员会，还想让蒋纬国进入“中常委”，结果这些人连个中央委员都未能捞到。而且李登辉还一改蒋经国期待和谈的愿望，抛出了他蓄谋已久的“台独”主张，成了两岸和平统一的千古罪人。
台湾两岸政策的早期负责人
由于马英九在党务和行政方面都取得很大成绩，很多人反而淡忘了他长期以来在推动两岸交流和拟订大陆政策中所扮演的角色。在两岸关系问题上，他反对“台独”，主张渐进统一。1987年台湾当局开放老兵返乡探亲，他是积极推动者。“陆委会”成立后，他兼任“副主委”，成为台当局早期两岸政策的负责人。
马英九从政以来，大部分职务都是国民党上层安排的，只有1991年郝柏村组“阁”时，他主动辞去“研考会主委”而专任“陆委会副主委”。他说：
“今后5年、10年、20年，两岸政策都是我们生存发展的关键。”外界为他的职务调降叫屈，但对他知之甚深的前“司法院长”施启扬说：“马英九参与大陆工作，纯粹是出于理想和抱负，从不计较个人名分。”台湾著名政论家阮大仁盛赞他是“台湾少见的‘大陆型’政治人物，格局很大”。
执政党宣布“解严”与“开放党禁”后，就开始推动一连串的政治改革，包括解除报禁、通过“集会游行法”、开放大陆探亲、“国会”全面改选、终止动员“戡乱时期”及“修宪”通过“总统”、“副总统”、“台湾省省长”、北高两院“辖市”市长均改为直接民选等。
党禁的开放，使得新政党如雨后春笋般出现。根据内政部统计，目前向政府登记的政党数目高达八十四个之多。不过，在这些政党中，较具有政治影响力的只有国民党、民进党和新党。新党是在1993年由一批不满党内路线和领导作风的国民党立委脱离国民党而成立。新党的成立，使得台湾的政党竞争，逐渐从国民党和民进党的两党竞争，转变为三党竞争的型态。
三党竞争的态势可在1994年的省（市）长选举中看出。该次选举，新党虽只得到百分之七点七的选票，但是，新党的赵少康在“台北市市长”的选举中，得票率高于国民党的黄大洲，而民进党的陈水扁则赢得了“台北市市长”的选举。整体来看，国民党在选举中赢得了“台湾省省长”和“高雄市市长”的席位，总得票率为百分之五十二点五，而民进党的总得票率为百分之三十九点四二；因此，从1994年的省（市）长和县（市）议员选举中，已可看出三党竞争的雏形。到了1995年底的立法委员选举，国民党获得了八十五席，得票率为百分之四十六点零六，民进党得到五十四席，得票率为百分之三十三点一七，而新党则赢得了二十一席，得票率为百分之十二点九五，使台湾的政党竞争由一党优势转变为两党竞争后，再进一步蜕变为三党竞争。
此外，1996年的“总统”、“副总统”选举，国民党的李登辉和连战得到百分之五十四的选票，民进党的彭明敏和谢长廷得到百分之二十一点一三的选票，新党支持的林洋港和郝柏村则得到百分之十四点九的选票；在同年“国民大会”代表选举中，国民党、民进党、新党的得票率分别为百分之四十九点六八、百分之二十九点八五及百分之十三点六七，更进一步确立了三党竞争的架构。
此时台湾和大陆的关系开始解冻与快速发展。从台湾政府于1987年11月2日正式开放台湾人民赴大陆探亲迄今，两岸关系快速进展，台湾目前每年约有上百万人次赴大陆探亲、观光旅游，及从事学术、文化、体育等交流活动，总计至今已有上千万人次到大陆访问过。在经贸关系上，台湾厂商赴大陆投资的金额，累计已超过五十亿美元，而根据中国方面的统计，台商协议投资金额更高达两百多亿美元；台湾对大陆的投资约占大陆外来投资的百分之八，仅次于香港的百分之六十，而高于美国及日本。此外，两岸互通电话累计超过一亿八千多万次；大陆人士来台从事文教活动，累计亦超过一万三千多人次。
密切的交流和频繁的互动推进了两岸的谈判。为了谈判方便，台湾在1991年2月，成立了半官方性质的海峡交流基金会，接受政府委托处理涉及公权力而政府不便出面处理的两岸事务，十个月后，大陆方面成立了海峡两岸关系协会。这两个单位于1993年4月在新加坡举行首次的历史性“汪辜会谈”，并且签署了四项协议，此后，双方又举行了八次的事务性商谈，持续探讨解决两岸交流所衍生的问题。
此时，马英九领导着“陆委会”，所有关于两岸问题的公开发言，都是他的任务。因此，当时马英九便是台湾两岸关系的代表形象。
但在此时，马英九和李登辉之间，已经出现了小小的矛盾，这种矛盾主要体现在由马英九主持的几项“立法”草案上面。其中最主要的便是《戡乱时期人民团体法》《戡乱时期公职人员选举罢免法》《第一届资深中央民意代表自愿退职条例》。这三大法律文案，均是蒋经国时代便开始的，由马英九主持完成，总设计师当然是蒋经国，大部分条文，早已经获得通过。可李登辉上台后，立即要求对这些条文进行大幅度的修改。一朝天子一朝臣，一个道士一个法，这一点，马英九也能理解。可李登辉毕竟学农业出身，不懂法，却又要专权，修改条文时，一定要按他的意志行事。
马英九不仅在家中很孝顺父母，这种脾气和性格也带到了官场，对长官很尊重，李登辉要改，他也就一遍又一遍地改，直改到李登辉满意为止。
但他并非没有原则，有些地方，涉及法理和重大原则问题，他就会向李登辉耐心解释。李登辉对农业生产很在行，对法律却似懂非懂，又极其固执专横，他的需要就是法理。遇到这种时候，马英九便为难了，只好一次又一次向李登辉陈情。这样的事情一多，李登辉开始对马英九不满，觉得马英九固执，高傲，不听话，瞧不起自己，便有了要冷藏他的意思。
恰在此时，大选结束，李登辉获胜。获胜后的李登辉，第～要务是搬走李焕这个绊脚石。
拥李登辉接班时，李焕是李登辉“主流派”的核心人物。但李登辉从来就是个翻脸无情的人，别说是李焕，就是蒋经国的后人他都丝毫不感恩，谁挡了他的路，或者将影响他的前程，他就要搬走谁。李登辉掌权后，他怕李焕权利大了会造成尾大不掉，便暗中用俞国华来制约李焕，引起李焕的不满。李焕一方面发动倒俞运动，其后又干脆站到了“非主流派”立场，支持蒋纬国、林洋港。台湾的政体，是“府院”两头重，执掌“总统府”和执掌“行政院”，要看谁的势力大，不是东风压倒西风，就是西风压倒东风。李登辉要控制权力，自然不能容忍李焕在身边。所以，他便提拔连战挤走李焕。
最初，李登辉以为这一策略可以达成目的，因为连战和李登辉以及李焕的关系都不错，可算是李焕的学生，他的形象不错，因为连震东的关系，在政界的人脉又很深，还可以赢得提拔新生代的好名声。可是，这一想法透露出去后，立即遭到了反对。最大的反对力量，就是李焕，因为他还想继续连任。而与李焕相关的一些“非主流派”也都反对这一方案。李登辉意识到不妙，便苦思对策，结果想到了一个重要人物郝柏村。
郝柏村是蒋介石的侍从武官，任台湾“国防部长”，陆军一级上将。郝柏村在军界的关系，李登辉深以为忌。现在，让他来当“行政院长”，立即可以将“非主流派”分化瓦解，李焕即使想反对也没用，又可以彻底夺走郝柏村的兵权，也封杀了一个时期以来，在政坛风头正旺的林洋港，真可谓是一石三鸟，用心歹毒。
趁郝柏村组阁之机，李登辉又连带给了马英九一个下马威，将马英九的“研究发展考核委员会”主任委员一职给免了，调他担任“陆委会”副主委。这是降级使用，从“正部级”降到“副部级”，李登辉担心会给人造成把柄，便又在前面加了一个“特任”的帽子，给人的感觉，马英九成了钦差大臣，官高一级了。实际上，贬了就是贬了，加什么帽子都一样。但马英九这个人性格好，心里虽然不快，却也无力和李登辉抗衡，因为他那种“不粘锅”的性格，使他在政坛内并无特别的好到可以“结党营私”的伙伴，势单力薄，所以只好眼睁睁的看着李登辉作弄自己，老老实实的干着自己的本职工作。
1992年，两岸代表（大陆的“海协会”及台湾的“海基会”）首次进行会谈，并发表了“九二共识”的宣言。宣言的中心思想就是“一个中国，各自表述”，意思是指两岸都坚持世上只有一个中国，但对于这种中国的定义，则两岸采用各自的表述方式：大陆方面的解释是：“一个中国”就是解放后的“中华人民共和国”，台澎金马是前国民政府控制的地方，但仍然是中国的领土；台湾方面的解释是：“中国”就是“中华民国”，地域除了被中共占领的中国大陆地区和国民政府所在的台澎金马以外，还包括己宣告独立的外蒙古，以及被俄国占领的唐努乌梁海地区。但不管是大陆还是台湾，都承认世界上只有一个中国，中国大陆和台湾都是中国不可分割的领土，这就是“九二共识”。
由于双方的努力，达成了“九二共识”，即“一个中国，各自表述”。达成这个共识之后，台湾方面，便在“各自表述”上钻字眼。这个功夫，恰恰是法律层面上的，马英九是国际法方面的专家，又是“陆委会”的特任副主委，“表述”工作，是他的分内工作，也是他的专长所在。马英九在“各自表述”上花的工夫，为台湾当局争足了面子。
虽然不久之后，无论是李登辉，还是陈水扁，都将“九二共识”给否定了，但不得不承认，这一共识之中的台湾表述部分，马英九立下了大功。直到今天为止，马英九的两岸观点，仍然坚持“九二共识”的台湾表述部分。这个表述，毫无疑问是站在台湾立场上的，所以，马英九当选国民党主席之后，有舆论说，马英九离“台独”立场越来越近，指的就是他赞成的是“一国两府”。“一国两府”虽然和“一国两制”有本质的区别，不可相提并论，但和“台独”却是完全不同的，因为它始终承认是“一国”。只要承认是“一国”，其他事，按照中共的观点，不论是“两府”还是“两制”，“都可以坐下来谈”。如果不承认是“一国”，那就没了任何共同点了，也就没有必要“坐下来谈”了。
这一时期，马英九除了干这些职责之内的工作之外，还干了大量职责之外的工作。最主要的是主持“修宪”工作。这项工作，在蒋经国时代便已经有了动议，然后由李登辉提出来的。此前“中央民代新陈代谢案”，可以说是为这次“修宪”做准备，而此次“修宪”的重要条款之一，便是“总统”选举办法。
马英九在主持“修宪”文案时，采用的是蒋经国所定的调子，即“委任直选”。所谓委任直选，是指由民众选出“国民大会”代表，再由这些代表根据所代表民众的意愿，投票选举“总统”。这种选举方法，好处是“国代”均由各个地区选出，为当地选民所熟悉或者喜爱，代表着相当的民意。此外，“国代”选举和“总统”选举一次完成，缩小了选举规模，是一种非常节约的选举。当然，肯定也存在弊端，比如“国代”很可能受某些因素左右，只代表个人而不代表民意。又比如，美国选举中所存在的问题，获胜者胜了选举人票，却并不一定胜了民意。
这一方案，李登辉最初也是同意的，因此便成为定案。但是，李登辉表面一套，背后一套。他在暗中发起了这次论争。至于李登辉的个人目的，也十分清楚。自他掌权以来，一直都为一件事感到异常头疼，那就是“府院”分权。“行政院长”虽然由“总统”提名，“立法院”通过，表面上看，“行政院”是在“总统”领导之下。可实际上，在许多方面，“行政院”的职权非常之大，像李登辉这种“总统”远不如蒋经国等能够绝对控制权力的情况下，“行政院。”
便容易形成和“总统”对立的局面。如果“公民直选”，“总统”的职权，在名义上便要大得多，“府院”分权甚至是对立的情况，便不容易出现。此外，李登辉掌权以来，一直存在着争议，他如果能够“民选”当上第一届“民选总统”，这种争议，便自然消失了。
为此，李登辉首先开始在民间搞小动作，一方面煽动一些人出来高叫要搞“公民直选”，另一方面又暗中操纵舆论。如此一来，所有人措手不及，尤其是马英九他们这些负责起草有关文案的人，离三中全会召开只有几天时间，需要拿出一个新的选举方案出来，简直是在开法律的玩笑。
为此，马英九和李登辉便产生了巨大的矛盾，马英九由此看出李登辉这个人极其阴险，为了自己个人的利益，可以置全体民众的利益而不顾，可以置法律的严肃性而不顾，任意枉为。
最终，李登辉利用那些怀有朴素民主意识的民众获得了这次大争论的胜利，极其匆忙地弄出了一个“公民直选”方案。这个方案因为没有充分的酝酿以及多次的讨论修改，存在的弊端是显而易见的，在后来的实际选举中，这些弊端一一显现。由于这一事件，马英九彻底看透了李登辉，两人间的矛盾，愈来愈深。而李登辉也觉得马英九已经不是自己的支持者，便开始在各方面打压他。
马英九扫黑与李登辉的排挤
1993年2月至1996年5月，马英九担任台湾“法务部”部长。以前的“法务部”，基本没什么具体执法行动，相应的执法行为，均由相应的职能部门完成。从某种意义上说，“法务部长”是个闲职，历任“法务部长”做的都是太平官。但马英九做“法务部长”却没闲着。马英九在“法务部”部长任上的政绩，大概从陈水扁一则攻击马英九的话中可以看出点门道：“马英九最自豪的就是查贿选。但是我们发现，马部长任内，共起诉被告7530人，结果被判刑有罪确定的不到一成！其中，省市议长、副议长被起诉了38位，如果依马英九把起诉人数当成政绩的逻辑，结果是没有一个被判有罪；而第三届‘立委’选举，马部长共起诉了5098人，判决确立的竟然不过59人！这又叫什么人权正义？马部长乱查贿选，堪称史无前例！！”正确解读一下这番话，我们发现一个事实，马英九3年任内，仅查贿选，一项，便起诉了7530人。而这些人中，涉及“第三届立委”选举的，便多达5098人。台湾多大个地方？不过2300多万人口而已，比陕西省的人口还少，仅贿选，便涉及如此之多的人。这个数字表明，三年内，每2700人中，便有一人涉及贿选，而2700人中，大约有一半的人没有选举权或者是不会参加投票。数字何其触目惊心。从而也可以看出，马英九查贿选，决心和力度有多大。
据1994年7月18日台湾《自由时报》报道，在1994年基层村里长及乡镇市民代表选举中，据保守估计，有黑道背景的当选者至少有150人，而各县市情况有所不同，台中县各乡镇市民代及村里长的选举中，有20多位黑道人士参选并当选，当选率达100%。彰化县乡镇市民代选举中，有50人当选。嘉义县乡镇市民代选举中，黑道兄弟多以高票当选。高雄县乡镇市与村里长选举，与黑道关系密切的当选者有40多位。台湾不少乡镇市民代，实际成为黑道势力的地盘，黑道治乡的名称，也由此产生。
台湾不仅地方民意机构日益黑化，就连“中央级”民意机构——“立法院”和“国民代表大会”这种最权威的地方，也成为黑道角逐的目标。“黑道老大虽不如地方民意机构那样多，但也有数位，而且，都是位高权重，实力非一般人可比。”据台湾媒体报道，全面直选后的各届“立法院”，一般均有10位左右的黑道“立法委员”，其中更有几位黑道“立法委员”连选连任。尽管有不少“立法委员”本身不是黑道出身，但与黑道关系密切。黑道大佬办红白喜事，往往会有许多“立法委员”公开现身，并且毫不遮掩自己同黑道的关系。
为什么会出现这种情况？看一看李登辉以及他宠信的几位政坛大佬的说法，便可知一二。
李登辉曾说：“黑道势力中外都有，不独台湾才有，社会自由化了，各种力量都可以出来。”按他的说法，黑道的出现，是社会自由化的表征，黑道越猖獗，越表明这个社会自由化程度越高，越民主。而李登辉的信徒则说得更为清楚明白：“当政者应容忍某种程度的金权黑权存在……金权黑权是巨大的社会力，对政权的取得与维持有帮助。”
此人还振振有词地说，“站在民主政治立场，黑社会分子为中华民国国民，享有宪法所赋予的一切基本人权，包括选举与被选举权，及参加政党从事政治活动之权利。既是如此，黑社会分子只要没有被法律制裁剥夺公权，而同时又拥有足够的民众基础，则其被提名或被选为各级民意代表，乃是民主政治之当然现象。”另一位李登辉的要员则说：“黑道也是选民，为什么不能有民意代表？”“黑道都是爱国的，没有黑道就没有中华民国。”
马英九不会持有这样的观点，在他看来，黑道就是犯罪，如果明知这些人是黑帮分子，并且仍然在从事一系列犯罪活动，却不能惩治他们，甚至让他们以非法手段进入各级民意机构，那不仅是对法治的践踏，而且是对人民的犯罪。
刚刚当上“法务部长”时，他看到台湾刑事警察局呈报上来的一份资料，台湾各县市1994年新当选的议员中，有帮派、管训记录及刑事前科者共300人，超过总数的三分之一，在台湾21个县市议会中，这次当选的大部分议会正、副议长有种种不同的犯罪记录和前科，甚至有犯有杀人罪的前罪犯。这份资料令马英九触目惊心，他当即决定开展以贿选为目标的扫黑行动。
他决定采取这项行动的时候，“法务部”的一些公职人员以不同的方式劝他不要太冒尖，这件事肯定吃力不讨好。这类案件因为背景极为复杂，又是有组织犯罪，查起来非常之难，取证的可能更是微乎其微。将涉案者逼急了，万一不能过关，他们也往往是出钱拉上一两个替罪羊了事。结果很可能是打虎不成，自己反被咬上一口。马英九要办这件事，首先便有可能得罪这些情治部门。此外，所有的黑道势力，都有特殊的背景，他们甚至在高层都说得上话，一旦把他们逼急了，自己的乌纱帽便有可能不保。正因为如此，历任“法务部长”都只是当太平官，对于诸多涉及黑道的各类案件，全都睁一只眼闭一只眼。
马英九偏偏不信邪，迅速开始了声势浩大的扫黑行动。他的扫黑行动，主要集中在三大方面，一是肃贪，这是针对官员的；二是查贿，同样针对的是官员；三是扫黑和反毒，这是为了还台湾一个纯净的天空，挽救更多的青少年。更为关键一点，他要做出一种姿态，对黑道势力起到一种威慑作用，从而打开扫黑的局面。
他这边行动一开始，将他的家人吓坏了。家人朋友纷纷劝他，这事别那么张扬，那些黑道人物是不好惹的。黑道也放出风声，叫他别赶尽杀绝，否则先考虑一下自己的归宿。面对重重压力的时候，是他的父亲站出来支持了他。他的父亲对媒体公开说：“文天祥和郑成功只活了39岁，英九已经比他们多活了5年了。诸葛亮死时54岁，英九也只差10岁。”
任职三年间，马英九雷厉风行，肃贪、查贿、扫黑、反毒，共起诉7500多人，其中有将近400人具有“民意代表”身份。因查贿得罪了太多权贵，三年后，他被调任位高权虚的“政务委员”。
1996年，李登辉终于如愿以偿，当选为第一任“民选总统”，此时，他第一个要对付的人，不再是那些国民党的元老级人物，而是那些令他极为不放心的中生代。连战、宋楚瑜、马英九这些崭露头角的人物一个个上了他的黑名单，成为他要对付的第一批。
首先是连战，他从政深得其父真传。据说，他的父亲连震东曾向他面授机宜，告诉他，当官就像骑自行车，要不断地点头，又不断地用力蹬。所以，连战当官，禀承的恰恰是这两个要点。但是，并不等于说他就因此只是言听计从，他当过“外交部长”，又当过一任“台湾省主席”，现在让他当“行政院长”，却又不让他组阁，他自然不乐意，对于李登辉交给他的那一长串名单，他并没有照单全收。例如和李登辉关系极为密切的原“台北市长”黄大洲，竞选连任时输给了陈水扁，便有意要去“行政院”弄一个“部长”当当。李登辉也默许这件事，连战却说：“黄大洲和我是亲戚，现在用他不大好。”挡了驾。同时，他又在“行政院”内安插了几个自己的人。对此，李登辉心中，已经对他产生了不满。
再就是宋楚瑜，李登辉替他安排了一个好职位，让他去当“国防部长”，可是，宋楚瑜志不在此，他知道，一旦涉足军队，想出来不那么容易，而以后自己想在政界更上一层楼的时候，又会有军人不能干政的麻烦。他已经看中了“台湾省主席”这个位置。这件事，让李登辉对宋楚瑜的忠诚起了疑心。
宋楚瑜虽然善于嘴巴冲锋陷阵，同时，也是个实干家，而且能力在所有中生代中，绝对属于第一。他当上“台湾省主席”之后，便一头扎进了基层，全省309个乡镇，他一个不漏地走了一遍，有些乡镇，他甚至去过好几遍。一年多时间，他竟然干了这样一件事，马不停蹄地在乡下奔走，差不多每天就是一个乡镇。他一再宣称，“省主席”的办公室是在台湾省的每个角落。为了这次大巡回，他订了一辆9入座位的福特旅行车，车上备有书报袋、传真机和电话，他在车内就可以随时与台湾当局、省府及地方人士联络。因为宋楚瑜在车上办公，全省范围内，任何一地出现紧急情况，他总是能够第一时间亲临现场指挥，一时间，到处可以见到宋楚瑜的身影，媒体每天都是他的消息，出镜率远远超过了当“总统”的李登辉。
宋楚瑜的影响力迅速扩大，直逼“总统”的李登辉。1994年12月首届“台湾省长”选举，他以473万票当选。这个得票数，令李登辉大吃一惊，他突然想到，如果宋楚瑜竞选“总统”并且同样得到这么多票，那么，他的好日子便到头了。此时，他才真正意识到宋楚瑜想去当“台湾省主席”的真实意图所在。他被这件事吓了一大跳，开始考虑怎样制裁宋楚瑜了。
对付宋楚瑜，并不是太容易，毕竟，宋楚瑜是通过民选的“省长”，任期还没有到，不能轻易调任。结果，他想出一个绝妙的主意：“冻省”。台湾政权管辖仅仅一个省，还需要设立省一级政权吗？这明明就是机构重迭，对于这一问题，实际上，早几年就已经提出来了，只是由于种种原因，一直不曾提上议事日程，现在，他要扳倒宋楚瑜，这是最好的借口。
还是像从前一样，李登辉暗中指示手下人，先让媒体大造一番舆论，然后他又假惺惺地拿到“立法院”讨论。结果自然是很快通过了。于是，他立即宣布停止“省政府”以及“议会”等相应机构的运作。宋楚瑜这个当初捧李登辉上台的“英雄”，就这么轻而易举被干掉了。
对付马英九就更容易了。马英九扫黑，触动了很多人的利益，各种压力随即而来。对于马英九扫黑，李登辉是最恼火的人之一，他让马英九去当“法务部长”，原本是想让他去当“不管部长”的，没料到他生出如此之多的事来，那些有实力的黑道人士，人人自危，自然要向李登辉施加压力。李登辉是台湾黑金政治的总头子，他下面，徒子徒孙不知有多少，这些人利益一旦受到威胁，自然会找李登辉。何况，他早已不喜欢马英九了，现在见马英九成了整个“行政院”最受民众欢迎的一个官员，成了一个政治明星，他深感不安。1995年年底，为了打击马英九，李登辉开始行动。李登辉要除掉某个人，最惯常的做法，就是釜底抽薪，让你当光杆司令，没有任何实权。李登辉越过马英九召集“高层治安会议”，这个会议开完之后，马英九才知道消息。在这次会议上，李登辉开始重用他自己的亲信廖正豪进入“法务部”分掌权力。
李登辉希望的结果是马英九像郝柏村一样，自动提出辞职。可马英九性子好，他明知道李登辉已经对自己极度不满，将自己的权夺走了，但既不吵，也不辞职，只要有机会就施展自己的权力和本事，让李登辉一时间也拿他无可奈何。李登辉没办法了，便一边抱怨他是窝囊废，一边考虑怎样搬走他。
时机终于让李登辉等来了。1996年，治安形势开始迅速恶化。新年钟声刚刚敲响两小时，一声枪响，屏东县“议员”林明顺差点命丧黄泉。接下来的一个月时间里，又发生了几起大案，民进党籍的“立法委员”萧瑞征在自家大楼遭人开枪打死，国民党籍“立法委员”陈涌源在竞选连任时被人开枪打成重伤，高雄“地检署检察官”张金涂遭枪击成重伤。这些大案，无一不与黑道有关，例如萧瑞征曾是“十信案”的风云人物，他将多位大员拉下马，自然有人会仇恨他。而张金涂则是马英九扫黑行动的锋头人物。
两个月后，民进党籍“立法委员”彭绍瑾又在家门口被人砍成重伤。岛内普遍认为，彭绍瑾是因为积极介入反黑金政治而遭报复。因为彭不仅自己介入以及支持马英九行动，而且，多次在“立法会”为马英九张目，公开支持马英九扫黑。这一连串案件的发生，马英九受到了朝野的责难。但实际上，此时的马英九，对于“法务部”已经失去了控制权。李登辉需要的正是这种效果，他当即以社会治安恶化为由，于1996年6月调马英九任无职无权的“政务委员”，由廖正豪接任“法务部长”。廖正豪上任后，治安情况持续恶化。
有人怀疑1996年社会治安恶化是有“高人”在背后指点，此说只是一种怀疑，如果这种怀疑属实，不知是否与李登辉有关。现实是一连串的治安案件，使得连战“内阁”饱受非议，人们并不说这一切都是因为国民党腐败的结果或者是李登辉执行黑金政治的必然结局，而是归罪于连战，说是他领导无方，要求“内阁”集体辞职。恰在此时，发生了白晓燕案。
台湾著名电视节目主持人白冰冰的女儿白晓燕，上学途中遭人绑架勒索，白冰冰虽然准备了赎金，但最终还是遭撕票。此案引起台湾社会极大的轰动，各大媒体，每天都有大量篇幅报道此案的消息。此案发生后，民间对于“政府”的不满达到前所未有的程度，民众纷纷表示，现在“政府”连一个几岁的孩子都保护不了，这样的政府能相信吗？
对于这起案件，马英九内心深处的伤痛，似乎不比白冰冰弱，也不弱于社会上其它任何人，他甚至觉得，白晓燕之死，自己负有不可推卸的责任。
当初，他担任“法务部长”原是想在社会治安方面有一番作为，他也确实在朝着这个方向努力。他甚至公开表态，除非自己被黑社会的子弹打倒，否则，他扫黑的决心不变。可他没有想到的是，自己没有被黑社会的枪子打倒，倒是被自己阵营内部的权力斗争打倒了。这件事，让他对当时的李登辉政府彻底失望。在他看来，如果仍然留在“法务部长”任上，如果扫黑行动没有“政府”方面的阻力，一直持续到现在，白晓燕案，很可能便不会发生。他觉得，白晓燕并不是黑道分子杀的，而是被这个无道的“政府”杀的。
因为对李登辉执政的极度失望，虽然白晓燕案与马英九已经没有丝毫关系，他还是毅然写了辞职信，是“行政院”中第一个为此提出辞职的官员。
他在辞职信中说：“‘国内’接续发生重大事件，社会为之震惊，民怨为之沸腾，英九忝为内阁之一员，对此发展深感痛心、无力，为表负责，乃决定辞去现职。”这句话，真实体现了马英九当时的心情，他是因为感到无力，然后痛心，所以才决定以辞职的方式表达自己的不满，他才会觉得“改革阻力重重，人民积怨日深……若干情势之演变，令人困惑，基层已有‘为何而战’的质疑”。
他的辞职，迅速成为一件大事，许多记者竞相采访他。有一位记者对他说：“最近民众对政府的不满和你并没有什么关系，为什么做出这么大的决定？”马英九回答说：“有没有关系，我觉得是个人的感受问题。”
其实，也并非完全没有关系。这一事件发生后，便有人提出要清算马英九，原因是他在“法务部长”任内，放宽了假释尺度，使得很多罪犯因假释而出狱，此次参与绑架白晓燕的罪犯，便有假释出狱然后又作案的。因为要打击马英九，各方面便拿此说事，他们不谈马英九打击黑势力所取得的成就，也不谈他所顶住的巨大压力，所冒的生命危险，只是盯住了这一点，认为马英九要对白晓燕案负责，要对最近社会治安恶化负责。
但是，民众对马英九却是认同的，得知马英九辞职的消息后，很多人都觉得这是台湾“政府”的一大损失。民进党“立委”叶菊兰公开在“立法院”向马英九表示：“从政多年来，我从未公开赞美一个国民党党员，但今天是例外，我要公开赞美你。”
对于马英九来说，这确实是最高评价，因为这个评价，不是来自他的盟友，不是来自喜爱他的民众，而是来自他的政敌。
马英九的奇闻轶事
马英九不仅工作起来兢兢业业，铁骨铮铮，刚正不阿，热心公益事业，也是岛内最具公益形象的政治人物。作为明星“市长”，马英九给别人颁奖的机会是非常之多的，当然，也有别人给他颁奖的机会，在他所受过的所有奖项中，有一项奖极其特别，即2004年他接受“中华捐血运动协会”所颁发的特别奖。他之所以能够获得这个奖项，是因为34年来，他总共捐血达146次，平均每年捐血达4次以上。
在这次颁奖仪式上，马英九照例发表了一番演讲，他说，捐血不分党派，这些年来，岛内引起了不少的纷争，他建议大家用捐血来化解这些纷争，还台湾一个安宁幸福的社会。同时，他也开玩笑说，血牛已经成为历史，他是“血马”一条。在台湾，捐血的纪录，并非由马英九来保持，而是一个名叫张国森的人，他在27年时间里，捐血805次。
马英九说，勇于卷起袖子输送爱心的情操最能显现“骨肉同胞，血脉相连”的含义，也最让人感动。马英九还称，由于六十岁就不能再捐血，所以他要赶在有生之年“拼业绩”；他的器官捐赠卡“不知签了多少张”，死后的“臭皮囊”早就捐给“慈济”公德会，他幽默地笑着说，“全身没有一处是我的。都被预约光了”。
马英九个人生活很简朴，他说花多了钱会有罪恶感。马英九每天工作17个小时，不抽烟、不上酒家、不跳舞、不赌博，理财法就是把薪水交给老婆。不过他有一个“马英九指定用途信托专户”，担任“国大代表”时的薪水全数捐出，目前有将近300万元，每年固定捐出15万到20万元，作为公益用途。
穿在他身上的其它配件大多是“古董”：内衣要穿到破了才换新、手表是结婚时岳父送的礼物、热爱的蓝衬衫是大姐马以南在三十几年前送他的、球鞋仍是当“法务部长”时那双（鞋底已用飞机胎补了好几次，补一次台币50元，可以沿用一二年）、随手惯用的派克笔现在派克公司已经不出了……他十几年前的西装还会送去改改再穿，在第一次选市长的时候，他终于用断了大三时候的皮带。他只有领带的颜色挺注重，因为常须参加婚丧喜庆，必须合乎礼仪。还有袜子绝不能破洞或补过，因为会不舒适。这样一个声名显赫的政治人物，其节俭程度令人难以置信。
马英九在生活上的自律节俭几乎到了清心寡欲的程度。他恨不得把所有时间都放在工作上，几乎没有私人生活。除了从事政治活动。阅读法律、历史、文化、国际关系方面的书籍，他从不去做一些和工作无关的娱乐活动。这或许和马英九小时候严格的家教有关。父亲教育他不要有任何玩物丧志的不良嗜好，只鼓励他打球或跑步健身。结果跑步成了马英九工作之余唯一的运动。
马英九在任“台北市长”期间，一天两顿只吃盒饭，即使要出席应酬，也是吃过盒饭才去。在宴会上，他几乎不吃东西。他做市长头3年吃了2000个盒饭，并且每次吃个粒米不剩。但是很奇怪，从来没有人认为马英九寒酸，也不觉得他失了什么品味。
马英九爱吃香蕉，午餐总要吃一根香蕉。工作忙来不及吃时，他会把香蕉放在办公桌上等忙完了再吃。有一次，马英九太忙了，香蕉摆到变黑，秘书整理时就把它丢掉了。不料马英九回到办公室，想起那根变黑的香蕉，怎么也找不到，忍不住问秘书。秘书只好尴尬地说，她看香蕉变黑了，就“处理”掉了。马英九虽没有责怪秘书，却慎重地告诉她，香蕉变黑了也可以吃，表面上黑了其实里面还是白的。秘书只好告诉马英九，香蕉已被她吃掉了，马英九这才笑了起来。
马英九身高1.78米，体重75到78千克的骨架，类似西方人的“宽肩厚胸”，帮马英九制作西装的永泰西服老板林丕龄，盛赞马英九的身材。老婆不喜欢他穿浅色衣服，因为看起来比较胖，但他有时会尝试较鲜艳的衬衫，被金溥聪戏称是“香港人风格”。
马英九的右前额总有一绺头发很容易掉下来，因此必须抹上发胶才能服服贴贴。他经常必须面对镜头，因此在家会照镜子模拟，找出自己端正的表情，以免像别人那样眼歪嘴斜或怪动作一堆。他也录自己的音，努力自我练习说话，务求口齿清晰不急不徐，让情绪平稳到不影响说话内容。
马英九有时候让人看来很拘谨，甚至不近人情。他有一位大学时代的好朋友，很早便进入台湾政坛，同样非常有才华，只是官运不佳。马英九虽然比他后跨人政界，却后来居上，33岁便当上了国民党中央党部副秘书长。
朋友想，大家是这么好的朋友，让他提携一下，应该没什么问题。台湾政坛就这个风气，谁不拍谁不送？他买了些东西去拜访马英九，结果，礼物被马英九退了不说，提携的话，也被马英九堵回去了。事后，他心里很气，暗想，真没想到，你是这么个不近人情的，早知就不来求你了。
事过多年，他对马英九不沾锅的性格有所了解，也将这事忘了，仍然和马英九保持着友谊。马英九当上台北“市长”前后，他在政界混得不如意，便急流勇退，弃政从商，自己去办杂志去了。
不久后，两人在一次活动上相遇，马英九问起他的近况，他如实以告。
马英九立即说：“好，我要订你的杂志，一年多少钱？”他心想，都这么好的感情，哪里需要你订？立即说：“你不用订了，我每期给你寄。”
圈内的规矩，如此熟人，又是名人，赠阅杂志，是平常事一件。他也确实打算以后按期给马英九赠杂志，这应该不算是行贿吧。岂料没过几天，收到一张汇款单，是马英九寄来的1000元新台币，订杂志的。他给马英九打电话。马英九说，既然是朋友，我自然应该帮你。当时，这位朋友的感觉是，马英九的思维，和别人是完全不同的，他做事有自己的原则，哪怕是在一些看上去极小的小事上。
马英九还有一位朋友，是花莲县的“县长”，两人的私交不是一般的深厚，彼此来往，礼尚往来是难免的。马英九祖籍湖南，家里一大帮湖南人，因此爱吃辣椒。花莲县出产一种辣椒酱，在台湾非常有名。这个朋友每次来台北，不带别的礼物，只给马英九带辣椒酱。但对于收礼，马英九的原则极强，朋友带来的如果是2瓶，他也就算了。只要超过3瓶，他一定要在市政府的收礼记录簿上登记。
设立市府工作人员收礼登记制度，是马英九当上台北“市长”后的一项政绩。这个簿中，马英九的记录自然是最多的，在他的名录下，多的到数千元的礼物，少的只要价值超过百元新台币，他一定要登记。这个登记簿，使得马英九的仕途如水透明。
马英九当官，不全都是风光的时候，也有颇为尴尬的时候，甚至被污辱的时候。一次他去龙山寺拜票，一行人刚刚走进去，突然，墙角边有人大声用台语喊他“马英狗”，
