在建校之初,周祖训就特别看重大多数学生对读书的迫切要求,因为办学最主要的目的就是为使学生读书学习,而且只有满足学生的学习要求,才不至于无事生非。所以在校舍固定以后,初中部9月初即正式上课。分校由主任李浴带领师生劳动建校,惨淡经营,一切很快就绪,学生努力学习,思想比较安定。高中及师范部学生到羊楼洞后,因食宿一时未安排好,加之管理人员有时对学生态度粗暴,曾发生少数学生殴打管理人员事件,经过妥善处理,很快即告平息。10月初上课后,教师能坚持教学,学生能安心学习,这在当时很多临时学校中是少见的。
仓促上课后,周祖训即以惊人的魄力和在抗战艰苦岁月中办好信师的成熟经验,决心把这个一盘散沙、混乱不堪的流亡学生团体改造成一个像样的学校。为满足上课需要,根据当地竹木丰富的优势,不久即赶制出竹木课桌课凳,并购买了课本和少量仪器。接着订立学习、生活制度,严格贯彻落实。早晨5时半起床、洗漱洒扫,整理内务;6时早操,在宽阔的运动场上,各部学生分别由教官带队跑步,教职员全部参加;6时半全体集合点名升旗,接着由周祖训或导师训话。功课抓得特别紧,国文、英文择要熟读背诵,并按时习作;物理、化学除讲解外,还需有演示实验;数学则需认真演算习题;其他各科亦各督令做笔记,随时检阅。除正课外,还有早自习一节,晚自习两节。自习时有导师督堂,主任巡察并点名。学生因功课紧张,常感学习时间不足,人人倾心学习,秩序良好。
劳动生产是周祖训历来办学的重要主张。当时学校经费奇缺,而各项起码的教学设施又不容不办,在周祖训的倡导下,采取自力更生原则,凡能自己做的事,都由师生自己动手。师生经常参加的劳动有:集体打柴,开荒种菜,整修教室,平整操场,修筑道路,担运食米等。周祖训项项劳动身先士卒,师生亦不甘落后。这样既发扬了劳动精神,又稍补了实际困难。
周祖训素来重视学生课外阅读和写作,在经费万分困难的情况下,仍撙节一部分经费,购置图书数千册,成立校图书室,供学生借阅。为提高学生写作能力,周祖训提倡各班除上好作文课外,还编写墙报。如出版有《洪流》、《莽原》、《爝火》、《星光》、《茁壮》、《萌芽》等。
学生吃饭,每200~300人设一伙,每日两餐,定时开饭,编组定位。周祖训和教官、导师皆参加学生伙,随时监察。在最困难时,每人每天不足9两半米(每斤16两),全体师生均陷入饿乡。但由于周祖训以身作则,毫不特殊,师生都能患难与共,同舟共济。一次,周祖训与师范部师生共同食用少量米煮的野菜汤时,全场200多人,只闻一片喝汤声,而无一人发怨言。周祖训十分感动,不觉泪水流入稀汤碗里和汤喝下肚。
当时教职员待遇微薄。每人每旬由学校借给米15斤,银元一枚,暂免饥饿而已,其他一切费用无从谈起。有眷属的更是困难万端,每日惟仰天兴叹。但在周祖训的带领下,大多数教职员仍能诲人不倦,认真备课、讲课和批改学生作业。经过五个多月的整顿教育,学生基本能遵守纪律,努力学习,师生团结,和地方群众也能相安无事。
1949年2月,中原临中第二期开学时,南京国民党政府见大势已去,急于逃跑,无心再管学校,所以学校困难日益加剧。周祖训目睹国民党政府的腐败无能,已悄悄决定将学校留在原地迎接解放,参加革命,所以克服困难的勇气倍增,他设法借债度日,千方百计使学校在万难中安定下来。