“胡蓝之狱”等大案前后持续十几年,诛杀功臣宿将4.5万余人,将淮西功臣集团的势力根除殆尽。至洪武末年,开国公侯勋戚所剩无几,曾经煊赫一时的淮西功臣集团,从此退出了明初的政治舞台。对于朱元璋残酷杀戮功臣,历代有许多人发表过意见。清人赵翼就认为:(朱元璋)借助诸位功臣之力以取天下,及至天下既定,即将辅助夺取天下之人悉数诛杀,其残忍的程度实千古所未有!
赵翼所言自然是事实。不过,我们也应当看到,明太祖镇压淮西新贵势力,解除对皇权的威胁,在当时的历史条件下,也是完全必要的。它极大地稳定了明初的局势,使得明初确立的政治体制得以顺利延续。对此,明太祖与其太子朱标的一段故事颇耐人寻味。朱元璋迭兴大狱,诛杀元功勋臣,太子以为株连过多。他劝谏道:“陛下杀人太滥,恐伤和气!”朱元璋闻言默不作声。翌日,朱元璋命人找来一根长满尖刺的荆棘放到朱标面前,让太子朱标去拿,朱标畏惧不敢伸手。于是朱元璋就对自己大杀文武功臣进行解释:“汝弗能执与,使我润琢以遗汝,岂不美哉?今所诛者皆天下之险人也,除以燕汝,福莫大焉!”意思就是说,我杀人就像去掉荆棘上的尖刺一样,这样你将来才能安坐天下。在朱元璋看来,太子朱标生性过于懦弱,自己死后未必能镇得住那些元勋宿将,故而有必要在自己生前消除军事叛乱的威胁,以让朱标稳坐皇帝宝座。
当然,朱元璋将“胡蓝之狱”作为实行专制独裁、排斥异己的正当理由,也使得明初的君臣关系大为紧张。大批的诛杀,让朝廷上下的文武将吏人人自危。据说,当时的京官在每天早晨入朝之前,总要与妻儿诀别,交代后事。及至傍晚平安归来,便合家庆幸,以为又多活了一天。
大兴“胡蓝之狱”,也使得朝廷的元气大受损伤,随即带来的是削弱根本的恶果——造成了朝廷将才的极度缺乏以及中央军事实力的削弱,客观上形成了中央与藩王军事实力对比上的不平衡。后来,他的孙子建文帝锐意削藩,燕王朱棣立即起兵“靖难”,夺取天下,建文帝几乎找不到合适的统兵之将,“蜀中无大将,廖化当先锋”。年逾花甲的耿炳文率师迎战,屡战屡败。假使当时蓝玉等能征善战的开国功臣还在,朱棣未必敢兴兵,建文帝也不用“逊国”了。夺取建文帝皇位的不是朱元璋先前耿耿于怀的功臣宿将,而是他亲自配置起来的藩王,这是“雄猜好杀”的朱元璋始料未及的。
朱元璋通过“胡蓝之狱”解除了相权和将权对皇权的威胁。为了加强中央集权,朱元璋进行政治体制改革的重要措施之一就是取消中书省,废除丞相一职。丞相的废除,不仅是有明一代的大事,也是中国政治制度史上一个重大事件。它表明中国传统社会中君权与相权之间长期的矛盾和斗争,至此已经告一段落,秦汉以来的丞相制度从此废止,皇权更大了,君主专制的中央集权,从此发展到一个崭新的阶段。但也必须看到,废除丞相制度,也对后来明朝发展产生了不良的影响。在封建社会,皇位传子以保证政权的稳定,丞相传贤以保证国家的治理。明朝不设丞相,使六部互相颉,对国家的治理非常不利,后来又出现朋党迭兴、党争激烈、宦官专权的局面,并最终导致明王朝国政日趋荒废,最后不可避免地走向衰亡。特别是明朝后期,整个朝廷坐视国是日非而振作乏术,终致内外交困,以致灭亡。故明末杰出的思想家黄宗羲认为:“有明之无善治,自高皇帝罢丞相始也。”而今看来,这是对明代废除丞相制度的流弊非常中肯的总结。