玄奘带着解决中土佛教义理纷杂歧异的目的,而远游五印度,决心取回《瑜伽师地论》的原本,以释众疑。至印度后,他在印度的学术中心——那烂陀寺,就学于年已逾百的宗师戒贤,得到印度瑜伽学派的嫡传。印度瑜伽学派是佛教大乘有宗的的主观唯心主义的思想体系。为公元四、五世纪间的无著、世亲兄弟所创。后经过陈那、护法等,而传至戒贤的。德高望重的戒贤是当时那烂陀寺内的首席宗师,他对玄奘不远万里,寻求哲理的精神很钦佩。因此对玄奘格外器重,热情地向玄奘传授了瑜伽学派的经论。
大雁塔东门楣佛像玄奘在慈恩寺总理寺务,主持佛经译场,讲说新译的经论,特别是传播阐发了瑜伽学派的义理,培育了大批青年僧徒,号称弟子三千。遂使慈恩寺成为名扬国内外的佛学研究中心。并在这里开创了我国佛教各宗中,哲学色彩最为浓重的“唯识宗”。它依《解深密经》《瑜伽师地论》等,宣扬“万法唯识”“心外无法”的主观唯心主义。依唯识论所说,宇宙万物,都不过是心识所呈现出的影像,世界上只“唯”有“识”并无“境界”,完全否认客观世界的存在,故名“唯识”。又因为它用许多烦琐的唯心主义的概念,对客观世界的物质、精神现象以及宗教的臆想世界,进行概念分析、解释,故又名法相宗。由于这个宗派创始于玄奘,宏杨于他的弟子窥基,而他们都住慈恩寺,故将慈恩寺称作它发祥的“祖庭”。或直接称它为慈恩宗。
玄奘一生致力于法相宗经论的传译,而他的弟子窥基则致力于此宗义理的阐发。窥基之后,传慧沼、智周等。在唐代此宗盛极一时,而且也东传日本、朝鲜等国。不远万里来长安的日本学僧道昭、智通、智达等,都先后学法相宗于玄奘。道昭等将法相宗带回日本,以元兴寺为中心,广为传播,称南传寺。开元四年(716年)日本学僧玄昭入唐,从智周学习几二十年,始东归日本,弘扬法相宗于兴福寺,称北传寺。法相宗至今,仍是日本佛教中一个隆盛的宗派。玄奘的新罗弟子们,也将此宗传入朝鲜。
由于玄奘卓越的学术、宗教方面的建树,遂使慈恩寺成为名扬四海的佛教名刹。日本、朝鲜的学僧,以及印度、西域诸国来长安的僧人,大都慕名住在慈恩寺中。